Getorganelle依赖Bowtie2，需要先安装Bowtie2
参考了这位老师的教程：linux下bowtie2安装_linux 下载bowtie2-CSDN博客
下载：
wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.4.4/bowtie2-2.4.4-linux-x86_64.zip/download
解压：
unzip bowtie2-2.4.4-linux-x86_64.zip
添加环境变量：
vim ~/.bashrc
export PATH="路径/bowtie2-2.4.4-linux-x86_64/:$PATH"
Getorganelle配环境、安装
官方文档：GitHub - Kinggerm/GetOrganelle: Organelle Genome Assembly Toolkit (Chloroplast/Mitocondrial/ITS)
conda创建环境
conda create -n getorganelle
激活环境
conda activate getorganelle
安装Getorganelle
conda install -c bioconda getorganelle
下载数据库
get_organelle_config.py --add animal_mt
- --add 后面放所需数据库，这里演示的是动物的
| 数据库名称 | 含义 |
|---|---|
| embplant_pt | 高等植物质体基因组库 |
| embplant_mt | 高等植物线粒体基因组库 |
| other_pt | 其他植物质体基因组库 |
| fungus_mt | 真菌线粒体基因组库 |
| animal_mt | 动物线粒体基因组库 |
| embplant_nr | 高等植物核糖体DNA库 |
| fungus_nr | 真菌核糖体DNA库 |
组装线粒体基因组
get_organelle_from_reads.py -1 /data/01/user246/LZY/Ctenomys/00/MNT265_clean_1.fq.gz -2 /data/01/user246/LZY/Ctenomys/00/MNT265_clean_2.fq.gz -o MNT265_out -R 50 -k 21,55,85 -F animal_mt
- -1、-2 参数后面分别放双端的两个文件
- -o 参数后面放输出到哪个目录
- -F 表示与哪一个数据库比对，这里是animal_mt（动物线粒体）
- -R 最短read的长度（50），意思就是只取50bp以上的reads分析
- -K 指定k-mer长度，这里是21、55 和 85
运行结果
单个样本运行结果.png
