五月廿五乙丑，清兵攻桂林，焦琏击走之；翌日又追，败之。清侦兵变，积雨城坏，猝薄城。环攻文昌门，式耜与琏分门婴守，用西洋铳击中胡骑。琏出城战，击杀数千人，自辰抵午不及餐。琏曰“枵号奈何！”式耜括署中米蒸饭分哺，士益乐用命。向晡，雨未息，收兵，明日复出战，清众弃甲仗而奔。式耜先令路将马之骥伏于隔江，清众从栗木岭遁。之骥疾驰渡江，运槊提鞭连毙三人，复追杀二十里而还。琏久驻桂，得桂人心。式耜国士遇琏，故得其死力。晋瞿式耜少师，兼太子太师，临桂世伯爵。上赐玺书褒嘉，式耜疏辞新命，复请苦自劾。
八月，二十三日，驾发奉天，传幸广西。督辅瞿式耜请繇古泥，道雒容，跸桂林。
冬十月戊辰朔，驾幸柳州，督师何腾蛟来朝。驾在沙泥潭，督师何腾蛟率滇兵来会，遂从驾至柳州，大学士严起恒亦从万屯来会。
督辅瞿式耜三疏请驾还桂林。时督师何腾蛟、严起恒及刘湘客咸在桂林。南安侯郝永忠兵骤至，疑主客不相安。式耜加礼抚慰，永忠信服，为之用。宜章伯卢鼎亦至自楚，式耜因疏请跸。极言“柳州僮、侗杂处，地瘠民贫，不可久驻。庆远壤邻黔粤，南宁地逼交夷，不可远幸。”又言“桂林可都”云。腾蛟与永忠、鼎、琏等俱分防汛会。
武岗之变，乘舆南粤纡道入苗蛮，朝官星散，不复存上下纲纪。式耜西望而泣，散布金钱，多遣壮士，间道迎求乘舆。适报驾抵柳城，乃益增发将吏，裹饣侯粮，备车马，表请上幸桂林：“臣躬扫行宫以待。”于是上敦谕相国：“西陲，朕根本地，先生竭力守此，待朕驻车，使朕不至颠沛。异日国家再造，先生功实多。”
十一月戊戌朔。 驾幸象州。官军捷于全州。土司覃裕春子鸣珂与龙文明构兵，惊移圣驾，次象州。式耜再疏迎请；与腾蛟、起恒筹画，调和主客；集永忠、琏誓于神，刻期出师。宜章伯卢鼎与滇镇赵印选各分路驻全，式耜输饷转运不绝。全州复大捷，获名马骆驼而还。诸帅连营而军，亘三百里，清众退出楚。
十二月丁卯朔，日有食之。己巳，驾幸桂林，辅臣瞿式耜郊迎。上念式耜功高赏薄，慰劳备至。进见上殿，赐坐，给赞元经体，不治细务，以比诸葛武侯、裴晋公。
二年戊子（1648）春正月丁酋朔，驾在桂林。
二月清广东提督李成栋以肇庆内附。成栋遣洪天擢、潘曾纬、李绮等赉奏请驾幸端州。
二十二日，驾发桂林。留守大学士瞿式耜次樟木港，檄各镇援桂林。清兵薄严关，驾复南幸。镇将败逃过省，撞塘呼号，屠烧邑屋，杀贼不辜。以无礼犯式耜，式耜端坐厅事不可动。清乘间来窥，突骑薄城门，式耜率典兵宿将，歃血定盟，申约束。昼则闭门固守，夜则衔枚袭杀，视丁亥春尤为奋勇，西省赖以复全。
三月丙辰朔，督辅瞿式耜入守桂林。时太常卿黄太玄毙于兵，式耜棺敛之。
二十二日，清攻桂林，薄北门，督师何腾蛟击走之，腾蛟师攻榕江。初，腾蛟自永宁至桂，滇镇胡一青亦统兵至桂。清人尚疑城虚，直抵桂北门。腾蛟督兵三面出，追杀三十里。清人北渡甘崇去。督师列营榕江，瞿式耜输饷百石，督师出关与留守相慰劳。
三年己丑（1649）春正月朔，驾在端州。
三月初七日，上曰：“俞惟留守式耜，作朕柱石。朕悉其才，是必能为朕任阃外，释北顾忧者。”于是赐式耜彤弓铁钺，特遣郎官一员捧诏，诏式耜，从此沅、湘、水宝、鄂、岳上下三军之在行间者，皆得生杀予夺惟命。式耜辞不获，乃戒期誓众，建元帅旗鼓，申号令，亲出入行间。令且环师全永，跳荡捷击，刻日可献俘馘。
