自用。内容都未在此详细记录，感兴趣的可以去看看文章。
桃Prunus persica
文章：Genome-wide identification and characterization of long noncoding RNAs during peach (Prunus persica) fruit development and ripening
发表时间：2022.6.30
期刊：Sci Rep (IF: 4.38; Q1)
DOI: 10.1038/s41598-022-15330-3
南瓜 Cucurbita pepo
文章：Genome-Wide Identification of Powdery Mildew Responsive Long Non-Coding RNAs in Cucurbita pepo
发表时间：2022.7.1
期刊：Front Genet (IF: 3.26; Q1)
DOI：https://doi.org/10.3389/fgene.2022.933022
- lncRNA的鉴定
首先将所有转录本与管家 ncRNA 数据库对齐，以排除 tRNA、snRNA 和 snoRNA。 - 预测 lncRNA 和 miRNA 之间的相互作用
包含了降解组测序 - cis与trans定义
- 测序数据：上传到了GSA，CRA006731 ，暂时没有释放。
褐飞虱 Nilaparvata lugens（害虫）
俗名写法：The brown planthopper (BPH)
文章：Genome-wide identification of long non-coding (lncRNA) in Nilaparvata lugens’s adaptability to resistant rice
第一单位：湖北省农业科学院
发表时间：2022.7.25
期刊：PeerJ (IF: 2.98 ; Q2 )
DOI： 10.7717/peerj.13587
文章写的是褐飞虱对水稻品种适应性的相关研究，将敏感与中度抗性的水稻品种分别饲喂BPH，研究的主要对象是害虫，不是水稻。
- dUTP法建库
- Bowtie2去除rRNA数据
- HISAT2+Stringtie
- 长度≥200 bp且外显子数≥2；CNCI与CPC两个软件结果取交集
- RSEM计算FPKM
- DESeq2分析RNA与lncRNA (这里这个提法有点怪)
- lncRNA与mRNA关联分析
lncRNA 和 mRNA 关联分析以三种方式进行：lncRNA 和 mRNA 的碱基互补配对（反义），lncRNA 在其相邻蛋白质编码基因上游和下游 10 kb 的位置（顺式调节）， lncRNA 与共表达的蛋白质编码基因的相关性确定了可预测的目标（共表达）
两种RNA的互作分析预测使用了RNAplex （第一次见这个软件）【搜了下，RNAplex用于trans靶基因预测，可以进行热力学上的互补计算。该软件可以搭配blast使用。】
基因上游/下游小于 10 kb 的 lncRNA 被鉴定为顺式调节子，与蛋白质编码基因共表达的 lncRNA 被认为具有反式调节功能。
花生
文章：LncRNA 介导的 ceRNA 网络为花生耐旱性提供了新的潜在生物标志物
DOI: 10.1111/ppl.13610
发表日期：2022.1
期刊：Physiol Plant (IF: 4.5; Q1)
单位：沉阳农业大学
