PS：也适用于找不到包的情况，不仅仅是依赖...
最近整合了团队的几部机器，做成了小集群，于是很多计算环境重新部署。这两天有个项目需要返工，发现之前流程代码无法正常运行。基于报错提示，那么是 DESeq2 的新版本不支持无重复情况。如果要回退，那么需要安装低版本的 R语言。
选择 Conda 安装了 r-base=3.5 ，随后尝试安装，却遇到系列报错，其中主要是
ERROR: dependency ‘XXXX’ is not available for package ‘YYYY’
大体原因简单。虽然 R 说起来是一门语言，但他不只是语言，已经可以认为是一个超级子系统，啥都打包进去了，包括 Java 执行环境，Python 执行环境等等.... 在我们 “install.packages()” 的时候，其实是：
- 下载系统对应预编译版本，直接解压使用
- 下载系统对应的源码版本，随后编译
...
对于这类“not available”的情况一般是因为对应的 R环境过时，或者 R 包已经更新，如果要解决这个问题，我们需要自行回退到以前的 R 包版本。
假定情况如下
ERROR: dependency ‘acepack’ is not available for package ‘Hmisc’
那么我们需要安装acepack这个包，直接到 R 官网检索
https://search.r-project.org/
复制该链接，使用下述命令安装即可
download.file("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/acepack/acepack_1.4.0.tar.gz","acepack_1.4.0.tar.gz")
install.packages("acepack_1.4.0.tar.gz", repos = NULL)
一般安装完成即可。如果遇到相同问题，那么继续....同样操作，先解决依赖的依赖。
补充：最近安装配置一个R环境，发现 DESeq2 上依赖版本不匹配（conda 的 R 和 bioconda 的 bioconductor 版本不统一），所以对于一些依赖要指定版本，大体如下
# 2022年09月12日
mamba create -n RNAseqR install bioconductor-deseq2 r-wgcna bioconductor-genomeinfodbdata=1.2.4 r-apeglm
