清朝初期的中央机构组织架构仿照明朝，也设有内阁，但真正的权力中心在于议政王大臣会议，凡军国大事均在议政王大臣会议上商定，议政王大臣也均由满人担任，汉人没有资格。康熙时期设立了南书房，一切重要的旨意都由南书房翰林撰拟，削弱了议政王大臣会议的权力。
雍正皇帝在位期间又设立军机处，通过军机处，皇帝可直接下旨给各地的督抚，称为“廷寄”，各地督抚等大小官员也可以通过军机处，直接向皇帝禀告事宜，称为“奏折”，皇帝与各地官员的联系绕过了议政王大臣会议，更加绕过了内阁，通过军机处，皇帝将军政大权揽于一身。
军机处的设立，标志着封建社会君主专制的集权统治已到达顶峰。
