linux常用代码命令整理

· ct@ehbio:~/data$
“ct”用户名
“ehbio”主机名
“~/data”当前目录
“$”指示用户输入命令的地方


· linux系统下不同颜色文件的含义：
红色字体：压缩文件、
白色字体：文本(.csv)、
绿色字体：可执行文件、
蓝色字体：文件夹、


·ls  #list，查看当前路径下有什么文件
·less  #进入打开具体文件，如 .txt ，q退出less命令、
·top  #查看当前有哪些程序在运行，“q”退出

·cd  #change directory，进入，  或者说：切换目录
cd..  #退回上一层目录
cd-  #跳回最近的一次目录

·mkdir  #make a directory，创建目录(文件夹)
·rm - rf  #删除文件，-r表示的是向下递归不管有多少级一并删除，-f表示直接强行删除并且不作任何提升。

·mv    #移动/重命名，
例如，移动：$ mv tj-15_1_val_1.fq ./noadapter  # ./当前文件夹，noadapter移入的文件夹
    移动： *.gz    # 移动后缀尾巴是这样的所有文件，”*”指”都可以”
例如，改名：$ mv cleaned8/ cleaned8mapping

·cp  #复制文件，例如：cp annotation.gtf ./15assemble    ./加不加都行

·Ctrl+Insert  #服务器中复制；
·Shift+Insert  #服务器中粘贴。

·$ gunzip Filename  #解压文件
·-o  #输出文件
·./目标文件夹    到当前文件夹
cp ../目标文件夹，退一步，同时复制到目标文件夹
·文件→打开：开两个会话


·双端测序两个FASTQ文件，
左端一般命名为_1或R1，
右端一般命名为_2或R2。

如ehbio_1_1.fq.gz，ehbio_1_2.fq.gz        #”.fq.gz”：样品名后缀
ehbio_2_1.fq.gz，ehbio_2_2.fq.gz
ehbio_3_1.fq.gz，ehbio_3_2.fq.gz
3个重复 左端          右端


·wget    w#web
·dir #查看当前目录下的所有文件
·-.sh #后缀，命令bash+名字来安装
·-h/--help
·source  #激活      source activate rna；  source deactive rna  #更改环境变量？
·conda install + abyss  #安装软件abyss
·-o  #outfile输出文件