C语言是一种面向底层的编程语言，要写好C程序，必须对操作系统的工作原理非常清楚，因为操作系统也是用C写的，我们用C写应用程序直接使用操作 系统提供的接口。Linux是一种开源的操作系统，你有任 何疑问都可以从源代码和文档中找到答案，即使你看不懂源代码，也找不到文档，也很容易找个 高手教你，各种邮件列表、新闻组和论坛上从来都不缺乐于助人的高手；而Windows是一种封闭 的操作系统，除了微软的员工别人都看不到它的源代码，只能通过文档去猜测它的工作原理，更糟糕的是，微软向来喜欢藏着揶着，好用的功能留着自己用，而不会写到文档里公开。
在编写程序的过程中，如果都是使用C语言标准库，比如scanf和printf函数，基本上一样的，没有涉及到系统的库函数或者编程方法（即只用符合ANSI C标准的代码和方法）的时候就没有什么区别。
如果涉及到系统编程，二者就有所区别，主要是库函数有所不同，而且文件的系统也不同、对某些函数的执行方式也不同。C语言的底层开发就涉及到了系统内核的问题，对于linux来说，可以清楚的知道它里面是什么结构。编辑器环境不一样，linux采用gcc编译器，gdb调试工具，和多种可视化的编辑器如emacs、kedit等等，也有文本的vim，GDB的功能是非常强大的。另外，所针对的人群也有所不同，windows主要是面向商业化的开发，而绝大多数的编程爱好者则属于自由开阔的系统下编程，不愿意禁锢在windows下。此外，在版权问题方面，也有很大的差别。windows系统下面好多好多东西都涉及版权问题，linux的free软件虽然是开放软件，不过好多都是免费用于商业化的。
