一开始使用conda 安装
安装方法:
Bioconductor Monocle :: Anaconda.org
但是会报错,说有冲突的包
于是我换了个code
conda install -c conda-forge bioconductor-monocle
安装成功
但是在R里加载会出现 ERROR :object ‘clusterApply’ is not exported by 'namespace:BiocGenerics'
解决办法:
移除conda 安装的包
conda remove bioconductor-monocle
根据官网安装方法,进入R里安装
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("monocle")
新出现的bug :
ERROR: dependencies ‘fastICA’, ‘qlcMatrix’, ‘slam’, ‘biocViews’ are not available for package ‘monocle’
解决办法:
用conda 安装上面的依赖包后,再用BiocManager安装
(DONE)