转录组 | 背景介绍

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文献学习 【要做笔记】
1.A comprehensive evaluation of normalization methods for illuminating high-thoughput RNA sequencing data analysis

  1. Methods to study splicing from high-throughput RNA sequencing data
  2. survey of best practices for RNA-seq data analysis
  3. hppRNA-a snakelike-based handy parameter-free pipeline for RNA-seq
    analysis of numerous samples
  4. Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by
    performing a broad-spectrum RNA-seq analysis
    • RNA sequencing: the teenage years

一、转录组的最佳实践

1.实验设计
2.测序设计
3.质控

核心部分主要是:定量,差异表达分析,解释。更进一步就是联合

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二、应用

  • 差异表达基因
    Drug treated vs. untreated cell line
    Wild type versus knock out organism
  • 发现新的转录本
  • RNA编辑
  • 可变剪接
  • LncRNA鉴定
  • 基因融合
  • SNP Indel

三、分析策略

如何选择软件?如何选择参数【要找综述进行参考】!

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四、pipeline

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五、实验流程图

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1.为何要打断?【技术限制,只能测短的】
2.为啥要反转录生成cDNA呢?【RNA不够稳定】

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文库:连接好接头的cDNA,叫做文库,英文为library

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index:一段特定的序列,标记不同来源的样本
6-8个碱基
read2测序引物结合位点:在Index序列的旁边GAT

文库质控

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如何看图?【如果降解了就会被打断,5‘被打断了,5就变短了】

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SBS(Sequencing-By-Synthesis):

通过单分子阵列实现在小型芯片(Flowcell)上进行桥式PCR
反应。通过可逆阻断技术实现每次只合成一个碱基,再利用
四种带有不同荧光标记的碱基,通过荧光激发/捕获,读取碱
基信息基于可逆终止的、荧光标记dNTP,边合成边测序

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双端测序(容易理解错)

DNA链,除了正向读一遍,还可以从DNA的负向读一遍
将DNA测序的有效长度加长了一倍
Forward strand:read1
Reverse Strand:read2,3'端引物

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参考:https://www.jianshu.com/p/acb7e0e824f5

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