Cytoscape作蛋白互作PPI图

由于之前提到软件版本的问题，所以以下分享是基于Cytoscape3.7.2的~

step1：导入string_interactions.tsv 文件，法1：load； 法2： Network from file

图1

                                                        图2

step2： 进行网络分析：Tools  -> NetworkAnalyzer -> Network Analysis -> Analyze Network -> Treat the network as undirected -> OK

step3： 对图进行美化：Tools  -> NetworkAnalyzer -> Network Analysis -> Generate Style From Statistics -> 到这个页面进行调整，选择对应参数  -> Apply 就可以得到比较美观的图了。

图3

图4

step 4:  你还可以设置它的形状，在Layout工具下，比如Atrribute circle layout：

图5

step5: （Optional）你也可以选中以某个蛋白为中心的作图形式，选中其周围的点，File -> New Network -> From selected nodes, All edges Ctrl + N 

step6:  导出，我们可以看到上面的图背景是灰灰的，我们可以导出为PDF文件，然后通过Adobe Illustrator进行修改后导出矢量图(.tiff)就可放到你的文章里啦~因为我图中结果还未成型，暂时不放上来了。

最后感叹一下，做这个这是很麻烦，在R里面几行代码就可以搞定，做出的图还高清无码，真的很麻烦，如果不能很好说明生物学意义的话，没必要用Cytoscape。

至于Cytoscape前期的String讲解以及Adobe Illustrator就是下一次的讲解啦(随缘学习)，有上面的部分，做一个PPI图已经不难了~~~