在windows或linux系统中,初次安装R可能会出现安装R包时镜像源加载不出来或,选择的repos无法连接的情况,如下:
解决方法1:
进入到R的安装目录,编辑/etc/Rprofile.site,
添加 options(download.file.method="libcurl"),重新打开Rstudio即可
解决方法2:
在每次安装R包前,指定CARN源:
options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")))
指定国内bioconductor源:
options(BioC_mirror=“http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/”)
BiocManager::install('dada2')
通过Rprofile自定义函数:
source.bioconductor <- function(){
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
}
通过调用source.bioconductor()函数,改变源并安装包。