古代藏区有这样一个分法，“上部阿里三围，中部卫藏四茹，下部朵康六岗”。阿里位于今西藏自治区西部、青藏高原北部，在象雄王国灭亡后，吐蕃赞普松赞干布统治了这片地域。卫藏算作是西藏本部，朵康包含了现在西藏自治区、青海西南部、四川省西部、云南省的一部分地区。这些地区合称为藏区，在古代，青海、川西、云南的藏区和西藏一般都被算作一个整体来看待，到了清代，清王朝划前朝的两京十三布政使司为十八个行省，将湖广省分为湖南、湖北两省，分江南省为江苏、安徽两省，分陕西省为陕西、甘肃两省，在青海地区设西宁办事大臣，又称青海办事大臣，为青海得名之始。民国十七年（1928年），国民党中央政治会议第153次会议决议在青海建省。川西和云南的藏区因为地理和行政划分被划入四川和云南。
西藏是绝大部分藏族生活的地方，西藏在唐宋时期称为“吐蕃”，元明时期称为“乌斯藏”，清朝康熙年间起称“西藏”至今。西藏地区在我国的元朝时期被正式纳入版图，成为中华民族大家庭的一份子。后来的明朝、清朝亦继承了元朝在西藏地区的主权，元朝是我国第一个将西藏地区纳入版图的中央王朝，也是唯二能在西藏地区进行括户（人口登记）、征收赋税、设立行政机构的大一统中央王朝。第二个是清朝，乾隆十二年（1747年）废除了西藏郡王制，设立噶厦政府，正式开始管理西藏，乾隆五十七年（1792年）击退廓尔喀侵略者后在西藏实行括户、收税、铸币权，具体详见《藏内善后章程》。
十三世纪初，青藏地区自吐蕃王朝灭亡以后形成的分裂割据的局面仍在继续，此时，佛教在太平兴国三年（978年）后，从北宋由多康（今青海西宁一带）和西藏阿里两路传入卫藏（前后藏），使自七世纪天竺传入藏区绝传100多年后的佛教再度复兴，形成独具特点的藏传佛教。西藏的各类宗教派系几乎都成型于此时。这些教派的发展使佛教在西藏得到极大的普及和发展，结果僧人和寺庙不断增加。就在这种背景下，崛起于蒙古高原的蒙古民族在征服周边地区的同时，对青藏地区进行了军事征服和后续的行政管理。
开禧二年（1206年），成吉思汗统一蒙古高原各部族，消除氏族分别，创造蒙古文字、法律，统计人口，造成卷册（1206年成吉思汗命弟失吉忽突忽造立青册，统计人口。成吉思汗时，分封领民，划分千户，所登记的籍册封面用青色，故名。元代一直沿用，或称户口青册）开创并定义了蒙古文化以及后来蒙古民族的概念，使饱受近战乱，互相仇视厮杀的草原人民生活变得和平安定，使不同族属的人们团结、凝聚在一起，并对肆意屠杀草原人民，将牧民的子女充作驱口肆意贩卖驱使（甚至当时的南宋都有鞑靼人奴隶）的世仇金国发动了复仇战争，为了让大后方不受威胁，成吉思汗先后三次出兵西夏，使西夏臣服，并征服了广大西伯利亚地区的各个部落，卫拉特（瓦剌）便是元朝从叶尼塞河上游地区迁徙到新疆维吾尔地区的林木中部落。
成吉思汗于开禧元年（1205年）、开禧三年（1207年）两次出兵进攻西夏，在开禧二年（1206年）进入青海柴达木盆地，使阿里地区古格、拉达克等藏族势力臣服于蒙古，成吉思汗西征花剌子模国时又征发阿里地区的藏族士兵，“岁乙丑，帝征西夏，拔力吉里寨，经落思城，大掠人民及其橐驼而还”。“四年己巳春，畏吾儿国来归。帝入河西，夏主李安全遣其世子率师来战，败之，获其副元帅高令公。克兀剌海城，俘其太傅西壁氏。进至克夷门，复败夏师，获其将嵬名令公。薄中兴府，引河水灌之，堤决，水外溃，遂撤围还。遣太傅讹答入中兴，招谕夏主，夏主纳女请和。”《元史・郭宝玉传》有记载：“从先锋柘柏西征，渡乞则里八海，攻铁山，衣帜与敌军不相辨，乃焚蒿为号，烟焰漫野，敌军动，乘之，斩首三万级。逾雪岭西北万里，进军次答里国，悉平之。乙酉，还至峥山，吐蕃帅尼伦、回纥帅阿必丁反，复破斩之。”这里的吐蕃帅尼伦极有可能就是来自拉达克或古格的首领。
蒙古第一次西征期间在中亚及北印度一带声势浩大，如克什米尔的奉佛世族斡脱赤兄弟在此后不久就离开故土投靠了窝阔台，当时他们的一番议论颇能显示出蒙古西征对印度北部山地诸邦的威慑，“世道扰攘，吾国将亡，东北有天子气，盍往归之”。“铁哥，姓伽乃氏，迦叶弥儿人。迦叶弥儿者，西域筑乾国也。父斡脱赤与叔父那摩俱学浮屠氏。斡脱赤兄弟相谓曰：‘世道扰攘，吾国将亡，东北有天子气，盍往归之。’乃偕入见，太宗礼遇之。定宗师事那摩，以斡脱赤佩金符，奉使省民瘼。宪宗尊那摩为国师，授玉印，总天下释教。斡脱赤亦贵用事，领迦叶弥儿万户，奏曰：‘迦叶弥儿西陲小国，尚未臣服，请往谕之。’诏偕近侍以往。其国主不从，怒而杀之，帝为发兵诛国主，元贞元年封代国公，谥忠遂。”“二年丁卯秋，再征西夏，克斡罗孩城。是岁，遣按弹、不兀剌二人使乞力吉思。既而野牒亦纳里部、阿里替也儿部，皆通使来献名鹰。”而克什米尔与阿里地区的拉达克仅一山之隔，是印度和中亚通往西藏以及新疆的交通要道，古格王朝亦处于阿里地区的西北部，自然也在蒙古的影响范围内。《蒙古源流史》记载：“成吉思汗四十五岁用兵于土伯特之古鲁格多尔济汗。彼时土伯特遣尼鲁呼诺颜为使，率三百人前来进献驼只、辎重无算，会于柴达木疆域。成吉思汗赏赐其汗及使者，并送礼物和信件给萨迦察克罗咱斡阿难达噶尔贝喇嘛，信中说：‘尼鲁呼诺颜之还也，即欲聘请喇嘛，但朕办理世事，未暇聘请，愿遥申皈依之诚，仰恳护佑之力。’于是收复阿里三部属八十万土伯特人众，遂进征额纳特珂克”。
元太宗窝阔台即位后，将陕甘地区的军权交由三子阔端全权指挥。端平三年（1236年）蒙古军征讨南宋时，阔端就是以陕甘地区军事力量为主体的西路军统帅。阔端亲率汪世显等将领出大散关，令按竺尔领炮兵手为先锋，攻破宕昌、武都、文县等州县。破城后，招徕吐蕃勘陀孟迦等十族，皆赐以银符。嘉熙三年（1239年）征讨南宋的战事结束后，阔端便派部将多达那波从凉州率军进入卫藏，进驻热振、彭波地区。并根据父祖利用全真教在华北协助统治的经验认识到，要把西藏置于蒙古统治之下，必须扶植和利用西藏佛教的领袖人物。“七年乙未春，城和林，作万安宫。遣诸王拔都及皇子贵由、皇侄蒙哥征西域，皇子阔端征秦、巩，皇子曲出及胡土虎伐宋，唐古征高丽。秋九月，诸王口温不花获宋何太尉。冬十月，曲出围枣阳，拔之，遂徇襄、邓，入郢，虏人民牛马数万而还。十一月，阔端攻石门，金便宜都总帅汪世显降。中书省臣请契勘《大明历》，从之。”“二月，命应州郭胜、钧州孛术鲁九住、邓州赵祥从曲出充先锋伐宋。”“阔端率汪世显等入蜀，取宋关外数州，斩蜀将曹友闻。冬十月，阔端入成都。诏招谕秦、巩等二十余州，皆降。”“丙申，大军伐蜀，皇子出大散关，分兵令宗王穆直等出阴平郡，期会于成都。按竺迩领炮手兵为先锋，破宕昌，残阶州。攻文州，守将刘禄，数月不下，谍知城中无井，乃夺其汲道，率勇士梯城先登，杀守陴者数十人，遂拔其城，禄死之。因招徕吐蕃酋长勘拖孟迦等十族，皆赐以银符。”
据《西藏王臣记》记载，在多达那波入藏后，蒙古人在掌控帕竹噶举、止贡噶举的帕木竹巴朗氏家族京俄仁波切扎巴迥乃的帮助下已使“所有木门人家归降；东自工布，西至尼泊尔，南到门域，所有坚固的堡垒都被攻破。”多达那波经过认真调查后，给阔端写了一个报告。报告说：“在边地西藏，僧伽组织以噶当派的最大，顾惜脸面以达垅噶举派的领袖最甚，排场华丽以止贡派的京俄仁波切扎巴迥乃为最。佛法以萨伽班智达最精通，迎请何人，请示明谕。”在扎巴迥乃的极力推荐及考虑到萨班在萨迦派以及藏区的名望，阔端决定迎请他到凉州。《贤者喜宴》记载：“京俄把西藏装有木门的户口名册献给了他。接受了，照看情面。他捣毁了下至东方工布地区、洛扎东西、洛若、加波、门地门贝卓、洛门和尼婆罗边界以内的坚固碉堡，以蒙古的律令进行统治，地方安宁。这时王法和戒律宛如黎明时东升的旭日照耀着操藏语的地域”。《新红史》记载：“两位蒙军将领经过以四种大军威慑之后，即将西藏疆土征服，并置于统治之下。”
萨班，俗名贡噶坚赞，为萨迦五祖中的第四祖，幼年时从其伯父萨伽派教主扎巴坚赞受戒出 家，后又拜克什米尔高僧释迪室利为师。他精通梵文，通大小五明，著述很多，取得班智达（大学者）称号。萨班所著《萨迦格言》是藏族第一部哲理格言诗集，以文学的形式表达了他的宗教和政治主张，1216年扎巴坚赞圆寂后，他继其伯父主持萨迩寺，人们尊称他为萨伽班智达，简称萨班。淳祐四年八月（1244年），此时离窝阔台合罕病崩已历经五年，乃马真皇后称制，阔端以皇子的身份 “开府西凉，承制得专封拜”。阔端派人携带手谕和礼品到萨迎去请萨迎班智达。手谕的全文如下：“萨伽班智达贡噶坚赞贝桑布知之。我为报答父母及天地之恩，需要一位能指示道路取舍之喇嘛，在选择之时选中了你，故望不辞道路艰难前来此处。若是你以年迈为借口，那么以前释迦牟尼为利益众生做出施舍牺牲又有多少？你岂不是违反了你学法时的誓愿？你难道不惧怕我依边地的法规派遣大军前来追究给无数的众生带来的损害吗？故此，你若为佛教及众生着想，请尽快前来，我将使你管领西方的僧众。赏赐给你的物品有：白银五大锭，镶缀有六千二百粒珍珠的珍珠装装，硫磺色锦缎长坎肩。靴子：环纹缎缝制的一双，团锦缎缝制的一双，五色锦缎二十匹。着多尔斯衷和本觉达尔玛二人赉送。”
萨班接到阔端的手谕后，毅然决定前往凉州，并携带两个侄子，10岁的八思巴和6岁的恰那多吉同行，萨班在一路上会晤了各地僧俗领袖，解释他去蒙古是为了佛教及众生的利益。经过两年的跋涉，萨班一行人终于淳祐六年（1246年）八月抵达凉州。但是邀请他的阔端却在此时去参加贵由继承大蒙古皇帝位置的忽里勒台大会而不在凉州。直到淳祐七年（1247年）年初阔端才返回凉州，与萨班进行了历史性会晤，展开了蒙藏关系史崭新的一页。
与阔端会面后，萨班通过传播佛法和高深的医术很快取得了阔端的信任，萨班不仅医好了阔端长久不愈的疾病，还用佛教的转世理论说明阔端是西夏的一位被臣下害死的国王转世，蒙古军在攻打西夏途中造成的杀戮和毁坏是为其前世复仇，阔端得病是因为触犯了西夏地方神祇，可用佛教法事解除的。萨班不仅治愈了阔端难以痊愈的顽疾，还以宗教理论解释了阔端统治西夏故地的合法性，很快便得到了阔端的信任。萨班来到凉州之前，阔端身边就有几位西藏僧人，但由于他们佛学知识不甚精通，因此在每次举行祈愿的法会上，也里可温（基督徒）和蒙古萨满坐在僧众的上首。阔端下令以后的祈祷法会由萨班做首位，并由佛教僧人率先祈愿，阔端还在凉州为萨班修建了一座白塔寺，作为萨班驻休之地。
萨班和阔端阔端与萨班协商并议定了西藏归顺大蒙古国的条件，蒙古任用萨迦派人员为达鲁花赤，赐与金符和银符，吐蕃各部缮写官吏、户口、贡赋清册三份。一份由各地官吏自行保存，两份呈交阔端和萨迦；蒙古将派遣官员到卫藏，会同萨迦人员议定税目等事宜。萨班从凉州给西藏各僧俗领袖和亲友子弟发出了信件，阐明蒙藏人民和平相处及国家统一的愿景，此信就是著名的《萨迦班智达贡噶坚赞致乌思藏阿里善知识大德及众施主的信》（又称《萨伽班智达致番人书》）。
正如萨班所说：“我前赴蒙古，一心为者，佛法也，众生也，更为造福于吐蕃人民也。”西藏各个地方的僧俗势力，都一致接受了这些条件。据阿旺贡噶索南《萨迎世系史》记载：“卫、藏之僧人、弟子和施主等众生阅读了此信件后，无不欢欣鼓舞。”《萨伽班智达致番人书》成为了西藏正式归顺于蒙古的重要标志，解决了西藏的归属问题，初步建立了政治联系，迈出了西藏统一于中央王朝的第一步，为统一的多民族国家的形成作出了重大的贡献。由于元朝统一国家中民族间经济文化交流的加强，西藏的经济文化进入了一个新的迅速发展的阶段，这些都是符合藏族人民的根本利益，正因为如此，藏族人民才在许多书籍和著作中歌颂和怀念他的功绩、赞扬他的卓识远见，可见萨班在当时所作出的历史性抉择符合藏族广大人民群众的希望。
元定宗贵由即位后，并未过问藏族地区的事务，而是交由阔端全权管理。西藏被视为阔端的领地，藏区也照常向阔端呈献户籍、缴纳贡赋，淳祐十一年（1251年）举行的忽里勒台大会上，经过激烈的政治斗争，成吉思汗的第四子托雷的长子蒙哥在拔都等人的支持下被选为全蒙古的大汗。蒙哥即位后，从阿姆河到燕京，无数窝阔台派系的官员被处死，阔端素与蒙哥交好，于是蒙哥暂时保留了阔端一家在河西的封地，但阔端一家的势力已大不如前，藏族地区也被蒙哥分封给一母同胞的亲兄弟忽必烈、阿里不哥、旭烈兀等人。大司徒绛求坚赞的《朗氏家族史》说：“窝阔台、贵由皇帝升天之时，皇子诸王聚会，商议皇帝大位由谁来坐，一致同意蒙哥应做皇帝，于是蒙哥即了皇帝位。于是从阔端阿哈那里收取了上师福田，止贡巴由蒙哥皇帝管理，察巴由薛禅皇帝管理，帕木竹巴由皇子旭烈兀管理，达陇巴由阿里不哥管理，这四个皇子分别占有各个万户。”《汉藏史集》记载：“拖雷的长子蒙哥汗与止贡噶举派结为施主与福田，次子额沁哈丹与萨迦派结为施主与福田，三子忽必烈与蔡巴噶举派结为施主与福田，四子阿里不哥与噶玛噶举派结为施主与福田，五子旭烈兀也与止贡噶举派结为施主与福田。”
在蒙哥登上皇帝宝座的同一年，萨班在凉州去世，临终前他将法螺和衣钵传给了八思巴，并将众弟子推荐给了八思巴，使八思巴成为了萨迦派的第五任教主。淳祐十二年（1252年）下令“籍汉地民户”，派月合乃等人“料民丁于中原”。宝祐元年（1253年）又“遣必者赤别儿哥括斡罗思户口”。这次范围广泛的括户，也包括藏族地区在内。《萨迦五祖全集》中八思巴写给藏区各位高僧的信说：“皇子蒙哥已经即位，对我等甚为关切，皇帝并宣示于我：‘已派金字使者去吐蕃各处清查户口、划定地界、汝可遣僧人同往。’为此，我已遣格西多吉周与格西松巴等率领随从前来，详细情形可询问彼等。”《元史》记载：“十月戊午，大赦天下。以帖哥紬、阔阔术等掌帑藏；孛阑合剌孙掌斡脱；阿忽察掌祭祀、医巫、卜筮，阿剌不花副之。诸王合剌薨。以只儿斡带掌传驿所需，孛鲁合掌必阇赤写发宣诏及诸色目官职。徙诸匠五百户修行宫。是岁，籍汉地民户。”“岁壬子，料民丁于中原，凡业儒者试通一经，即不同编户，着为令甲。儒人免丁者，实月合乃始之也。”
蒙哥合罕在西藏施行了清查户口和分封制度，使诸王的封地和某一教派联系起来，这对后来西藏行政制度的发展产生了重要影响。在实施分封制度以前，各教派和各地方势力的管辖范围并没有明确划分过，各个教派的活动区域往往是犬牙交错的，而且是不完全固定的，因此各教派的寺院和专属庄园在各地混杂并存的现象并不罕见，蒙哥合罕实行分封后，帕木竹巴、止贡巴等派都把自己与一片地域联系起来，认为本区域内的大小封建主都应该受本教派控制，例如大司徒绛求坚赞在所著《朗氏家族史》中的自述中即以旭烈兀的封地为标准，认为这是应该帕木竹巴控制的地区，不能容许别派在这片区域中发展，即使因为战争等原因丢失了庄园领地，也要千万百计夺回或赎回。这种观念的形成，使西藏从分裂时期的教派政治开始向教派和地域结合的政治转变。
