为了下一步抓权和清洗的便利，就在废除中书省及丞相制的同时，朱元璋又将军政分开，严格规定“勋臣不与政事”，就算李文忠也不行了；那些靠军功起家的淮西勋贵们除继续领兵作战之外，一般就不再允许过问行政职务了，这也是文武分途的需要。
为了握紧枪杆子，更便于拉一批打一批，就在胡惟庸被杀后，朱元璋便进一步扩大了与开国勋贵们的联姻关系。这其中就包括让自己的儿子们娶了徐达、汤和、邓愈、傅友德、蓝玉等家的几个女儿，也包括把自己的女儿嫁到一些功臣家。
朱元璋要打的对象，除了胡美这类二流人物（胡于洪武十七年被下狱），主要就是作为功臣第一的李善长（此时徐达、李文忠都已去世），而只要先打倒了李善长，朱元璋才踏实一些。
李善长与胡惟庸走得太近，“不善自处”的他终于惹上了一身骚：为了拉近与李善长的关系，胡惟庸将自己的侄女嫁给了李善长的侄子李佑，通过李佑，胡惟庸将自己的图谋转告了李善长，李听后大惊，对侄子训斥道：“你居然敢说出这种话，不怕招来诛灭九族吗？”见老李如此畏惧，胡惟庸又令李佑转告李善长：“一旦事成，尽捐淮西之地以王（李）太师！”面对裂土封王的诱惑，又想到抠门至极的朱元璋，李善长有些心动了，于是起而叹息道：“我年纪大了，你们看着办吧！”这就等于是默许了胡党的密谋。见李太师松口了，几天后胡惟庸找了个机会，和老李私语了一会，远远就看见李“颔首而已”【1】。
李善长没有旗帜鲜明地站出来揭发和反对胡惟庸的密谋，这在朱元璋看来已经属于大不忠！胡案发生以后，胡惟庸、陈宁等人已被处死，此时有人站出来要求朱皇帝法办李善长、费聚、陆仲亨等人，朱元璋见时机尚不成熟，于是说道：“他们都是朕早年的股肱心腹，还是不要追究了吧！”最终只是诛杀了参与密谋的李善长之弟李存义，而赦免了存义之子李佑。
如果当时就除掉了李善长等人，将带给功臣集团多大的震动？这是老谋深算的朱元璋不能不首先考虑的，但他早已目标明确，不过是在等待一个合适的机会而已。这里先梳理一下朱皇帝与李善长君臣历来的微妙关系：
洪武九年七月，朱元璋把他的女儿临安公主嫁给了李善长的长子。可是就在两个月之后，时为御史大夫的汪广洋、陈宁便上书弹劾李善长，说老李不守礼法——皇帝病了快十天了，他也不来探望；他那个驸马儿子“六日不朝，宣至前殿，又不施礼”，可见这李家多没规矩、多没家教。
得知被弹劾的消息后，李家父子便免冠以待罪。朱元璋自然要表现得大度些，因为当时用得着老李的地方还很多，皇帝便宽释道：“大罪不治则法无以立，小过不赦则人无所容。善长，国之大臣，不能律身教，子劾之诚是，但念相从之久，宥之勿问。”【2】最后此事不了了之。
不过据有些史书上说，朱元璋当时对此其实很生气，他于是在物质上惩罚了老李一下，削减其岁禄一千八百石（已经近半）；老李自此“竟忽忽不自得”【3】，开始对朱皇帝很有意见。
我们在早前就已经说过了，李善长之所以最后栽倒，其实就在于他严重缺乏古代著名谋臣范蠡、张良那般功成身退、知足不辱的意识，也缺少他们那种对时局敏锐的把握。李善长与北宋的著名开国宰相赵普有得一比，二人同样是小吏出身，亦同样有才干。
赵普亦寡学术，但后来颇知好学，且其人甚有谋略，宋太祖“雪夜访赵普”就被后世传为美谈。赵氏起先深得宋太祖的信任，因此他给宋初政治打下了很深的个人烙印；不过后来赵普也开始因富贵而骄，其公忠其表、谋私其内的举动渐渐引起了赵匡胤的不满，以至赵普最终遭到疏远和贬谪；但赵匡胤比朱元璋厚道得多，所以赵普在宋太宗朝又得以幸运地发挥余热，成为所谓的“两朝宰辅”。
但李善长的厄运也在于朱元璋活得太长，在于功臣集团本身竟然出现了分化，这最终对李氏形成了致命一击！首先向李善长发难的，正是一贯被朱元璋敲打的汤和；也许是多次的敲打令他有所觉悟，加上廖永忠的惨痛遭遇，都不能不使汤和此时生出避祸自保的想法——而要真正做到这一点，恐怕就要帮着朱皇帝办几件“实事”，投其所好，做一番落井下石的勾当！
眼看到了洪武二十三年，李善长已是七十七岁的高龄。这一年他想要翻修自家的宅第，于是就到汤和那里借了其名下的三百士兵，汤和发现了良机，于是撸起袖子装作一副忠臣范儿道：“太师胆敢擅自发兵！”【4】于是汤和立即向朱元璋密奏，朱皇帝精神恐怕要为之一震！
不知是有意还是无意，此时便有占星家“言星变其占当移大臣”，这难道不也是在暗示，要将这股祸水引向李善长吗？于是这年五月，御史再次劾奏李善长罪状，朱元璋便乘机逮捕了李佑和他的兄弟李伸。经过一番审讯，他们吐露了李善长的一些“奸情”：胡惟庸在做宁国县令时，受到李善长举荐成为太常寺卿，为了表达谢意，胡惟庸便以三百两黄金赠李；当胡惟庸的反谋确定之后，李善长派出家奴耿子忠等四十人跟从胡，这四十人都得到了很多胡所赠送的金帛，李善长则收到了胡所赠送的西域古剑、白玉壶、玉刻交龙蟠桃等贵重物品。
另外，通过一番侦讯，也得到一些类似的口供：先前，胡惟庸谋乱时，曾密遣故元臣封绩出使北元，待到老胡突然败亡后，封绩惧不敢归，直到捕鱼儿海大捷时，他才被蓝玉的军队所俘获；李善长因为害怕事情会牵累到自己，所以就把封绩给藏匿了起来，可是世上没有不透风的墙，封绩很快被人告发并下狱，因此刑官“得反状及善长私书”上奏朱皇帝。
刑官请求将李太师逮捕审问，可是朱元璋不许，于是引出监察御史的一封劾奏：“善长始由小吏，遭遇龙兴，无介胄之劳，乏匡辅之德，皇上念其闾里旧人，艰难扈从，服勤左右，多历年所，锡之公爵，位极人臣，禄及子孙，恩覃骨肉。而善长柔奸隐匿，尸位素飱，杨宪谋叛，若罔闻知，胡、陈不轨，又为谋主。皇上累加曲贷，恬不知恩，今按得封绩往来沙漠私书，有善长手迹，大逆不道，罪状甚明。天恩宽大，尚存矜恤；王法无私，罪在不赦。”
可是朱元璋仍然没有明确表示，就在这时，李善长家奴卢仲谦等又一同站出来揭发老李素来与胡惟庸往来的情状。这一回群臣们都不得不站出来表态，请诛李善长。
另外，吉安侯陆仲亨家奴封帖木等也告发了其主子，其中说到陆仲亨与“延安（候唐胜宗）、平凉（候费聚）、南雄侯（赵庸）等皆与惟庸、善长结为党”，还曾经约定某一天起事，只是胡早早败露了而已。
至此，朱元璋眼见时机已经成熟，在将陆仲亨等一干人（除了李善长）逮捕外，于是便召集了群臣与李善长等到奉天门。朱元璋开始流着泪追溯创业的艰难和当年的患难之情：“朕初起兵时，李善长来谒军门曰：‘今天有日矣。’是时朕年二十七，善长年四十一。所言多合吾意，遂命掌书记，赞计划。功成，爵以上公，以女与其子。陆仲亨年十七，父母兄弟俱亡，恐为乱兵所掠，持一升麦藏于草间，朕见之，呼曰：‘来！’遂从朕。既长，以功封侯。此皆吾初起时股肱心膂，吾不忍罪之，其勿问。”【5】
说着说着，就到了右顺门，朱元璋便对群臣们表示道：“李太师已经老迈了，朕也想保全李佑、李伸一命，以慰李太师之心！”群臣坚决表示：“李善长系开国旧臣，任寄腹心，亲托骨肉，但却干出这等勾当，他的反状已经非常明白，国法不容陛下有所偏私！”朱元璋装出一副无奈状，对李善长说道：“法如是，奈何？”
眼见棺材已经被人抬出来了，李善长一面大哭，一面说道：“臣诚负陛下恩，无面目见群臣！”【6】为了存个体面，他回家以后便自缢而死。朱元璋遂“命以礼葬之，厚恤其家。子（李）祺为驸马都尉，后卒于江浦，孙（李）茂今为指挥佥事。”
李善长都死了，其他人更没有苟活于世的理由了。于是李佑、陆仲亨、唐胜宗、赵雄及费聚等人皆被赐死，另外李善长及其妻女弟侄家口七十余人（除驸马、公主一家）通通被诛杀。
李善长一案至此终于了结，然而事实上，我们已经知道在很多关键问题上，也许真实的情况并不像人们所了解的那样。
李善长在私德上也许有些瑕疵，但参与谋反应该不至于，那些脏水无疑都是有意泼向他的——不但朱元璋已经有些厌恶他了，更主要的是，要以他为突破口，开始自己对功臣集团进行清洗的阴谋！
我们已经反复强调过，朱元璋的骨子里其实就是个小农，随着时间的推移，那些昔日同生共死的开国功臣们在他眼中已基本与豪富无异，他们都是骑在百姓头上的权贵寄生阶级，朱元璋自然对此深为痛恨；何况他们的存在，对皇权的巩固和强化也是莫大阻碍。
李善长明显是冤枉的，对此，在洪武时期就有王国用、解缙等人毅然站出来为李善长辩诬，而理亏的朱皇帝也只得默认了——在李善长案发生的次年，在郎中王国用署名、实则乃才子解缙所写的《论韩国公冤事状》中，以雄辩的事实反驳“串通胡惟庸谋反”的结论，大意说：李善长为陛下打天下，是勋臣第一，假使帮助胡惟庸成事，也不过是勋臣第一而已，何必要冒如此巨大风险？何况他已经年迈，根本没有精力，何苦如此折腾自己！
李善长这种一等一的开国元勋都被灭了族，何况是普通人，时人莫不叹曰“功如李善长，又何如哉”！另外，据明史专家陈梧桐统计，除了朝中大臣外，开国功臣中仅公、侯一级的，就有二十二人被打入胡惟庸案。
这其中包括：“韩国公李善长、延安侯唐胜宗、吉安侯陆仲亨、平凉侯费聚、南雄侯赵庸、荥阳侯郑遇春、宜春侯黄彬、河南侯陆聚、申国公邓镇(邓愈之子)、临江侯陈镛(陈德之子)、大将毛骧(毛麒之子)、李伯昇、丁玉和宋濂的次子宋璲、长孙宋慎等……另有宣德侯金朝兴、济宁侯顾时、营阳侯杨璟、靖海侯吴帧、永城侯薛显、巩昌侯郭兴、六安侯王志、南安侯俞通源、汝南侯梅思祖、永嘉侯朱亮祖、淮安侯华云龙，在案发之前已死，也追坐胡党，革除爵位。顾时之子顾敬、朱亮祖次子朱昱、华云龙之子华中也被处死。”【7】宋濂本人也受到牵累，以高龄被流放到四川夔州，于洪武十四年五月去世，享年七十二岁。
此案株连如此之广，自然会引起广大臣民的怀疑和议论。为了堵住悠悠之口，朱元璋又故技重施，特将刑讯逼供所得的口供集为《昭示奸党三录》一书，予以公布。
经过如此严重的内耗及社会震荡，朱元璋惟恐蒙古方面会借机滋事，于是便自洪武二十四年正月开始，又陆续命傅友德等人前往备边。然而与此同时，一向喜欢把事情做绝的朱元璋却又在蠢蠢欲动，暗中加紧策划另一起大案，以尽量清除淮西勋贵中那些掌握军权的军事权贵及其子弟。
不过，杀人虽然容易，但事先必须要有所充分的准备和布置，否则就会很容易引起军队的骚乱和社会动荡。为此，朱元璋所做的就是分封子孙为王，并令他们就藩以掌握军政实权，如此一来局面就不难控制了！
于是，一伺时机成熟，朱元璋便再次举起了自己手上那把还在滴血的屠刀……
【1】参见王世贞《皇明异典述》
【2】 《明太祖实录》卷一百八
【3】 查继佐《罪惟录》列传卷三八
【4】 王世贞《皇明异典述》
【5】 《明史纪事本末》
【6】 王世贞《皇明异典述》
【7】《洪武大帝朱元璋传》下
