lefse分析-加载环境与分析-lefse_plot_cladogram.py脚本图片美化

lefse_plot_cladogram.py -h

input_file', metavar='INPUT_FILE', type=str, help="tab delimited input file"

output_file', metavar='OUTPUT_FILE', type=str, help="the file for the output image"

--clade_sep',dest="clade_sep", type=float, default=1.5       #调整层级之间节点的间隔

--max_lev',dest="max_lev", type=int, default=-1         

--max_point_size',dest="max_point_size", type=float, default=6.0          节点大小最大值

--min_point_size',dest="min_point_size", type=float, default=1          节点大小最小值

--point_edge_width',dest="markeredgewidth", type=float, default=.25       颜色标记的节点之间连接边宽度

--siblings_connector_width',dest="siblings_connector_width", type=float, default=2        平行节点之间连线宽度

--parents_connector_width',dest="parents_connector_width", type=float, default=0.75        父子节点之间连线宽度

--radial_start_lev',dest="radial_start_lev", type=int, default=1                辐射状图开始绘图层级

--labeled_start_lev',dest="labeled_start_lev", type=int, default=2                   节点标记起始层级（就是从哪个层级开始展示节点）

--labeled_stop_lev',dest="labeled_stop_lev", type=int, default=5                   节点标记中止层级（就是从哪个层级开始不再展示节点）

--abrv_start_lev',dest="abrv_start_lev", type=int, default=3              从哪个层级开始缩写节点

--abrv_stop_lev',dest="abrv_stop_lev", type=int, default=5             从哪个层级结束缩写节点

--expand_void_lev',dest="expand_void_lev", type=int, default=1           

--class_legend_vis',dest="class_legend_vis", type=int, default=1

--colored_connector',dest="colored_connectors", type=int, default=1

--alpha',dest="alpha", type=float, default=0.2          透明度设置

--title',dest="title", type=str, default="Cladogram"              可自己编辑

--sub_clade',dest="sub_clade", type=str, default=""                 可自己编辑

--title_font_size',dest="title_font_size", type=str, default="14"

--right_space_prop',dest="r_prop", type=float, default=0.1

--left_space_prop',dest="l_prop", type=float, default=0.1

--label_font_size',dest="label_font_size", type=str, default="6"

--background_color',dest="back_color", type=str, choices=["k","w"], default="w", help="set the color of the background"

--colored_labels',dest="col_lab", type=int, choices=[0,1], default=1, help="draw the label with class color (1) or in black (0)"

--class_legend_font_size',dest="class_legend_font_size", type=str, default="10"  

--dpi',dest="dpi", type=int, default=72

--format', dest="format", choices=["png","svg","pdf"], default="svg", type=str, help="the format for the output file"

--all_feats', dest="all_feats", type=str, default=""