只想水一水，我某一天水别人的东西。
今天，看了半个小时的nextdenovo组装 segmentation fault 报错异常，终于从github上的回复看到了解决思路，老方法-排除法，顺利找到假done。
总会有奇奇怪怪的异常，最害怕没有见过的异常，所以hifi时代，为什么要给CLR和ont数据组装，我简直要崩溃！！！
0.常见注释文件gff3的问题类型
1.没有gene行，有mRNA行。（可以修改加上gene，mRNA行坐标跟gene一样，注意mRNA有没有完全一样坐标的行，这可能是有可变剪切的注释文件）
2.有mRNA行，没有gene行。（可以修改加上gene，mRNA行坐标跟gene一样）
3.没有mRNA行，有transcript行。（可能transcript和mRNA有区别，一般直接替换为mRNA即可）
4.没有CDS行，有exon。（不可用）
5.ID或patent ID错误。
6.gene行等信息太大，gffread无法提取。（awk过滤第九列）
7.第九列没有patent ID。（可添加）
8.注释文件中有序列信息。（grep -v过滤，可用））
9.NCBI的注释文件有mRNA，gene，CDS‘，exon，UTR以外的psegene，ncrna，一个gene分为多个part，一个gene对应的CDS方向有+有-，mRNA方向为？等等。（根据gffgread报错信息直接过滤对应的gene）
10.coge网站注释文件，其实是可变剪切的注释文件，有相同的gene行。（awk '!arr[$9]++' test.gff3）
1.ascp下载NCBI基因组
找到下载链接Mauremys reevesii：从路径genomes从截断，基因组下载从此光速完成：
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/016/161/935/GCF_016161935.1_ASM1616193v1/GCF_016161935.1_ASM1616193v1_genomic.gff.gz
ascp安装
wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.8.1/ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.tar.gz
tar zxf ~/downloads/ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.tar.gz -C ~/biosoft/ #指定安装目录
cd ~/biosoft/
bash ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.sh # 安装（我修改为bash解释器）
cd # 去根目录
ls -a # 查看是否有.aspera文件夹，如果看到.aspera文件夹，代表安装成功
echo 'PATH=$PATH:~/.aspera/connect/bin/' >> ~/.bashrc # 永久添加环境变量
source ~/.bashrc #让当前变量生效
ascp --help
下载基因组命令：
ascp -i /home/pengzw/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -QTr -l200m anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:genomes/all/GCF/016/161/935/GCF_016161935.1_ASM1616193v1/GCF_016161935.1_ASM1616193v1_genomic.fna.gz ./
ascp -i /home/pengzw/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -QTr -l200m anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:genomes/all/GCF/016/161/935/GCF_016161935.1_ASM1616193v1/GCF_016161935.1_ASM1616193v1_genomic.gff.gz ./
2.日常之修改注释文件
修改注释文件第九列 类型1：gene一般保留ID即可；mRNA保留ID，mRNA parent ID是gene ID，cds和exon的parent ID是mRNA ID。NGDC下载的注释文件错误为CDS,exon,UTR的parent ID是gene ID。所以需要根据$3修改第九列，根据特征修改为mRNA ID。
less source.bak/GWHBEIJ00000000.1.gff.gz |head
#OriSeqID=Hic_asm_0 Accession=GWHBEIJ00000001.1
GWHBEIJ00000001.1 . gene 638318 642045 . + . ID=evm.TU.FRAGSCAFF_80.69;Accession=GWHGBEIJ000001.1;Name=EVM%20prediction%20FRAGSCAFF_80.69;transl_table=1
GWHBEIJ00000001.1 . mRNA 638318 642045 . + . ID=evm.model.FRAGSCAFF_80.69;Accession=GWHTBEIJ000002.1;Parent=evm.TU.FRAGSCAFF_80.69;Parent_Accession=GWHGBEIJ000001.1;Name=EVM%20prediction%20FRAGSCAFF_80.69;transl_table=1
GWHBEIJ00000001.1 . five_prime_UTR 638318 638401 . + . ID=evm.model.FRAGSCAFF_80.69.utr5p1;Parent=evm.TU.FRAGSCAFF_80.69;Parent_Accession=GWHTBEIJ000001.1;transl_table=1
GWHBEIJ00000001.1 . five_prime_UTR 638511 638588 . + . ID=evm.model.FRAGSCAFF_80.69.utr5p2;Parent=evm.TU.FRAGSCAFF_80.69;Parent_Accession=GWHTBEIJ000001.1;transl_table=1
GWHBEIJ00000001.1 . five_prime_UTR 639455 639489 . + . ID=evm.model.FRAGSCAFF_80.69.utr5p3;Parent=evm.TU.FRAGSCAFF_80.69;Parent_Accession=GWHTBEIJ000001.1;transl_table=1
GWHBEIJ00000001.1 . exon 638318 638401 . + . ID=evm.model.FRAGSCAFF_80.69.exon1;Parent=evm.TU.FRAGSCAFF_80.69;Parent_Accession=GWHTBEIJ000001.1;transl_table=1
GWHBEIJ00000001.1 . exon 638511 638588 . + . ID=evm.model.FRAGSCAFF_80.69.exon2;Parent=evm.TU.FRAGSCAFF_80.69;Parent_Accession=GWHTBEIJ000001.1;transl_table=1
GWHBEIJ00000001.1 . exon 639455 639591 . + . ID=evm.model.FRAGSCAFF_80.69.exon3;Parent=evm.TU.FRAGSCAFF_80.69;Parent_Accession=GWHTBEIJ000001.1;transl_table=1
GWHBEIJ00000001.1 . CDS 639490 639591 . + 0 ID=cds.evm.model.FRAGSCAFF_80.69.CDS1;Parent=evm.TU.FRAGSCAFF_80.69;Parent_Accession=GWHTBEIJ000001.1;Protein_Accession=GWHPBEIJ000001.1;transl_table=1
less source.bak/GWHBEIJ00000000.1.gff.gz |awk -F '[\t;]' '{if($3~/gene/) {print $1"\t"$2"\t"$3"\t"$4"\t"$5"\t"$6"\t"$7"\t"$8"\t"$9} else{print $0}}'| awk -F '[\t;]' '{if($3~/mRNA/) {print $1"\t"$2"\t"$3"\t"$4"\t"$5"\t"$6"\t"$7"\t"$8"\t"$9";"$11} else{print $0}}' >GWHBEIJ00000000.1.gff.bak
awk -F '[\t]' '{OFS="\t";if ($3~/CDS/||/exon/||/five_prime_UTR/||/three_prime_UTR/) {gsub("TU", "model", $9); print $0} else {print $0}}' GWHBEIJ00000000.1.gff.bak >GWHBEIJ00000000.1.gff
修改注释文件添加gene行 类型2：
less Pyrus_bretschneideri_Chr_gene.gff|grep -v "^#"|perl -e '{while (<>){chomp;@a=split /\t/;if ($a[2]=~/mRNA/){if($a[8]=~/ID=(.*?);/){$gid="gene_".$1;}print "$a[0]\t$a[1]\tgene\t$a[3]\t$a[4]\t$a[5]\t$a[6]\t$a[7]\tID=$gid;\n${_}Parent=$gid;\n";}else{print "$_\n";}}}' > Pyrus_bretschneideri_Chr_gene_new.gff
