在镇守江陵的荆州刺史桓石民和镇守京口的青、兖二州刺史司马怡相继死去后，对上下游的争夺遂成为主相相持的焦点。
孝武帝想选拔当时有名望的人为藩镇，以暗地里制伏司马道子，他向王雅咨询道：“我想重用王恭和殷促堪，你怎么看？”
王雅回答说：“王恭风度优雅举止高贵，神情严肃，然而他禀性严峻狭隘，不能容人，有自以为是的操行，没有守节的心志。殷仲堪在小事上很谨慎，行为检点，文章被人广泛称颂，然而他没有大器量，而且缺乏才干谋略，如果让他们独当一面，天下没有变乱时，尽可以尽忠职守，但一旦出事，就一定会成为祸乱的根源。”
孝武帝认为王恭等人都是有名的杰出人物，又是王皇后的兄长，觉得王雅是在嫉妒他们超过自己，所以就没有听他的，任命王恭为都督五州诸军事，兖、青二州刺史，镇守京口。（这两人后来终于都出了事，后人都称王雅能鉴别他人的品行才能，而孝武帝也果然不会识人，谢安在世时百般猜忌，对于庸才十分重用。）
王国宝之弟王忱曾经与王恭非常友好，两人有过倾谈十多日才分开的经历，王恭之父王蕴预言两人今后将因追求不同而做不成朋友。
后来两人都卷入了孝武帝与司马道子两派的朋党之争，王恭向王忱表示忧虑，并希望两派能够和好，同心卫国。
王忱虽然同意，但由于害怕自己的进言不被司马道子所采纳，于是委托司马道子宠信的袁悦之传话。然而袁悦之却一直想离间王恭与王忱的关系，竟在司马道子面前怒斥王恭是“妄生同异，疑误朝野！”王恭认为是王忱在陷害自己，而王忱亦无法证明自己清白，于是两人关系破裂。
后来，有一次王恭与王忱一同到何澄家里做客，但他们在席间闹得很不开心，王忱劝王恭喝酒，王恭坚决不喝。王忱坚持并且强来，并各自拉起对方的裙带，王恭府中的近千人都被叫到何澄家中来了，而王忱虽然随从少仍然上前，双方差点要打起来，何澄见此没有办法，只得坐在他们两人中间分开他们。
在王恭被任命镇守京口后，司马道子一派的王忱被任命为荆州刺史镇守江陵，没过多久，王忱就病死于荆州任上。
司马道子想让王国宝继任荆州刺史，孝武帝行动迅速，不经吏部铨选，直接任命殷仲堪为荆州刺史。殷仲堪虽然名声好，但是资历威望都不够，他上任后，喜欢施行小恩小惠，对大政方针缺乏有力切实的措施。
桓温之子，南郡公桓玄依仗自己的才能和显赫的家族地位，总把自己看作是英雄豪杰，朝廷对他怀有戒心而不重用。直到二十三岁那年，桓玄才开始在朝廷担任太子洗马，他曾经去拜访琅琊王司马道子，正碰到司马道子喝得酩酊大醉，对身边的许多宾客说：“桓温到了晚年的时候，曾经打算要做叛贼，你们说是不是啊？”
桓玄伏在地上，汗流浃背，站不起来，从此他越发忐忑不安，对司马道子恨得是咬牙切齿。后来，他补任义兴太守，但还是感到怀才不遇而闷闷不乐，叹息着说：“我的父亲曾经是九州的盟主，而他的儿子却只不过是五湖的小头目！”于是，他弃官回到封地荆州。
临行前，桓玄呈上一道奏章，为自己申辩道：“我父亲辅佐皇室，平定祸乱的功劳，朝廷已经把他遗忘了，我并不计较，但是，先帝能登上宝座，陛下接着得以继承大统，这些事，请陛下问一问那些谈论的人，是靠谁得来的啊！”
桓玄回到江陵后，殷仲堪对他十分的恭敬畏惧。桓氏家族几代都在荆州镇守，桓玄尤其强豪专横，当地的官员、百姓都害怕他，甚至超过了害怕殷仲堪。桓玄更是曾经在殷仲堪升堂办公之前在公堂外骑马取笑，并且用长矛假装向殷仲堪直刺。
殷仲堪的部将刘迈对桓玄说：“你骑马舞矛的本事有余，但是你的道义却不足。”桓玄怫然不悦，殷仲堪也大惊失色。桓玄走了之后，殷仲堪对刘迈说：“你是疯了，桓玄夜晚如果派刺客来杀你，我怎么能救得了你呢！”于是，他便让刘迈马上出发到京城去躲避桓玄的报复。桓玄果然派人追杀他，刘迈仅仅免得一死。
征虏参军胡藩路过江陵，前去看望殷仲堪，劝解他说：“桓玄的志向兴趣不比常人，常常因为没有得到一个满意的职位而大为不满，您对他过于优待了，这恐怕不是能够长期维持的办法吧！”殷仲堪心中不高兴。
胡藩的妻弟罗企生是殷仲堪手下的功曹，胡藩从殷仲堪那里出来，对罗企生说：“殷仲堪把长矛倒转过来，授柄于人，自己一定会遭难的，你如果不早早地图谋去留，后悔可是来不及的呀！”
司马道子独揽大权，奢侈放纵，不可一世，他的亲信赵牙本来是个优伶的出身，另一个亲信茹千秋本来是一个负责抓贼的小吏，他们都依靠贿赂、谄媚得到提升。司马道子任命赵牙为魏郡太守，茹千秋为骠骑咨议参军。
赵牙为司马道子修建府第，堆积假山、挖掘水池，人工和资金都耗费巨大。孝武帝曾经莅临司马道子的府邸，对司马道子说：“住宅当中竟然有山，当然很好，但是修整装饰得太过分了。”司马道子无言以对。
孝武帝走了以后，司马道子对赵牙说：“如果皇上知道这山居然是用人力堆积成的，你就死定了！”
赵牙笑嘻嘻地说：“有您在，我赵牙怎么能够死呢！”他为司马道子营建的游宫越来越华丽。茹千秋更是卖官鬻爵，招权纳贿，搜刮的钱财加在一起数以亿计。
博平令闻人上疏说出了这些情况，孝武帝更加讨厌司马道子，只是迫于母亲的压力，没有下定决心罢黜他。于是，他提拔那些当时有声望并且和自己关系亲近的王恭、郗恢、殷仲堪等人，任命他们担任朝廷内外的重要官职，用来防备、牵制司马道子。
司马道子也把王国宝和王国宝的堂弟王绪等人作为心腹，从此东晋朝廷内外党派、集团一个接一个地出现，再也没有过去那样友爱团结的欢乐景象了。
