在shell脚本中激活conda虚拟环境

常用命令行激活conda的env的命令有2种：
conda activate ENV_NAME
source /home/zhaohuiyao/minconda3/bin/activate ENV_NAME
但是如果你想在一个shell脚本中激活conda的env，有许多办法。我这里只提供了一种我使用的。

情况1： 直接使用conda activate ENV_NAME 会报错

Case 1

这种情况，你只需要用source /Your/Path/miniconda3/bin/activate ENV_NAME即可，再次运行shell脚本。

完整流程：
首先，将需要的R脚本单独写进work.R 中
然后在work.sh 中写
source /Your/Path/miniconda3/bin/activate ENV_NAME
Rscript work.R
即可

情况2： 出现source:not found的报错情况，这与你的linux版本有关以及shell解析器有关

case 2

ubuntu系统的默认shell解析器是dash，你需要将dash改成bash，要root权限，我没有。（Centos就不会有这个问题）
查看系统版本信息命令：cat /proc/version
查看默认解析器命令：ls -l /bin/sh

最简单：你的shell首行是#!/bin/bash，那么你只需要在执行脚本时用/bin/bash ./run.sh 即可，就能识别source命令
因为我们一般执行shell脚本的方法是：
①提高权限：chomd 775 ./run.sh，然后直接./run.sh
②直接：sh ./run.sh
这两种都是用默认shell解析器，而Ubuntu默认是dash，因此会有冲突
当然如果你有root权，你可以，
dpkg-reconfigure dash，选择no，之后再次运行ls -l /bin/sh，就会是/bin/sh -> bash
查看自己shell解析器：grep your-name /etc/passwd