本，本义植物的根系，“木下曰本”。标，本义植物的枝梢，“木杪末也”。根深则叶茂，根死则叶枯。每条经脉的不同部位所起的作用并不相同，同样分为本和标。《灵枢·卫气》详细记载了十二经脉本和标的部位。
“能知六经标本者，可以无惑于天下”。
“足太阳之本，在跟以上五寸中，标在两络命门。命门者，目也。足少阳之本，在窍阴之间，标在窗笼之前。窗笼者，耳也。足少阴之本，在内踝下上三寸中，标在背腧与舌下两脉也。足厥阴之本，在行间上五寸所，标在背腧也。足阳明之本，在历兑，标在人迎颊挟颃颡也。足太阴之本，在中封前上四寸之中，标在背腧与舌本也。手太阳之本，在外踝之后，标在命门之上一寸也。手少阳之本，在小指次指之间上二寸，标在耳后上角下外眦也。手阳明之本，在肘骨中，上至别阳，标在颜下合钳上也。手太阴之本，在寸口之中，标在腋内动也。手少阴之本，在锐骨之端，标在背腧也。手心主之本，在掌后两筋之间二寸中，标在腋下下三寸也。凡候此者，下虚则厥，下盛则热；上虚则眩，上盛则热痛。”
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经脉的根结与标本理论是一致的，经脉的根与本都位于四肢，有些经脉的“本”就是它们的“根”，结与标都位于头及躯干（胸腹背）。二者都是用于说明四肢与头面躯干部位经脉的主次关系，强调四肢肘膝关节以下经脉腧穴对机体生理病理诊断治疗的重要性。它们的区别在于“本”的部位不像“根”那样专指四肢末端的井穴，而是多指腕踝关节近处的一定部位。“标”则以脏腑背俞穴为主要分布区域。
实际应用中，可以将经的“本”与“标”的概念推而广之，即以四肢部位的经脉特别是肘膝关节以下的部位为“本”，以头面胸腹背等部位为“标”。
十二经脉的标本理论对指导诊断和辩证选穴具有十分重要的意义。
在诊断方面，当经脉及其所属脏腑组织发生病变时，常常在经脉的根、本部位出现异常反应，如压痛变形血管充盈等，也就是经脉病候的“是动则病”。因此，通过望诊切诊检查经脉的本根部位的变化，对诊断头面躯干及内脏病症有重要意义。
在辩证选穴方面，十二经脉尤其是肘膝关节以下的五输穴，原穴，络穴，郄穴，下合穴，八脉交会穴等特定穴，作用范围强大，不但有局部治疗作用 而且对头面躯干甚至全身都有调整作用。而十二经脉之标位的穴位，则以治疗局部或者节段性病症为主。
本标穴位配合是临床上最常用的配穴方法，也是标本兼治原则的具体体现。
