设计小麦特异KASP引物和 CRISPR single guide RNAs (sgRNAs)

最近有小伙伴询问KASP标记的问题,我把一份讲解如何设计KASP标记的pdf文件发给他了。

所以今天我们就将这一份文件分享需要的小伙伴。

点击网址(https://pan.baidu.com/s/1EnKCxsJp1bDP6mMgaUgVYw)可以下载pdf文件。

关于引物设计的内容,我们推送了不少。

原创小程序-让你的引物设计又快又准

基于SNP的PCR标记技术3-高通量dCAPS标记

小麦生信菜鸟归来 (五)—系列总结以及特异性引物设计

原创小程序-让你的引物设计又快又准

小麦族多组学数据网站——设计基因组特异引物

基于SNP的PCR标记技术2-CAPS标记之一

下面我们在说一说如何选择小麦中的sgRNA,这也是一位朋友提问的问题。这个网站是https://crispr.bioinfo.nrc.ca/WheatCrispr/。 输入基因名字或者序列,即可查找到对应基因的sgRNA。如我们搜索基因TraesCS1A02G103900,返回结果如下图所示。

背景介绍,请参考链接中的pdf文件(https://pan.baidu.com/s/1PQCRKrpunbveJmzhtA9TtA)。

最后,在简单说一说“搜商”。现代是信息爆炸,知识爆炸的时代,能从海量的信息中找出需要的信息是一种非常关键的能力。比如,前面的问题,如何设计KASP标记。在谷歌搜搜“design KASP marker”会给出搜索提示,如下图。返回的结果,前几条就有我们今天介绍的内容。

同样的CRISPR single guide RNAs (sgRNAs) in bread wheat也可以搜到上面的网站,而且第一条就是。

是不是觉得简单?以后有时间我们专门谈一谈“搜商”的问题。

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