圆形,总是给人一种包罗万象的感觉。的确,从视觉效果来说,圆形展示的信息肯定要比线型图多得多。
1.circos简介。
官网在这:http://circos.ca/
帮助文档链接:http://www.circos.ca/documentation/tutorials/
建议大家参考他给出的例子 http://circos.ca/software/download/tutorials/
2.circos的安装,
因为circos是一个perl语言编写的程序。所以要使用circos必先安装perl。
选择windows,下载,双击安装在C盘下面;安装好后,测试下,看是否正常安装,cmd进入命令行,键入Perl -v ,若有显示信息。
则表明安装正常。
如果想安装在服务器上的话,直接 conda install -c bioconda circos。
如果在window上,
下载安装最新的。把此压缩文件解压,放到我们想安装的地方,我的是在 E:/d/Circos-0.69-6,里面所对应的文件如下:
我这个文件夹是把circos-tutorials-0.67的文件也放进去了。
3.配置perl模块。
上面是所需的perl 模块。以第一个为例子。
其他的也是这个思路,有些文件的第五步可能不是dmake,自己可以看看readme文档。
4.运行circos提供的实例。
1、进入example目录:因为我装在E盘。这里要注意路径。
2.调试第一个例子;
perl ..\bin\circos -conf .\etc\circos.conf
后续没有报错就是安装正确。调试的第二个例子也是一样。
3.实操(留给下一节)