经常有小伙伴问如何绘制下图这样代谢通路与热图的组合图，其中的代谢通路一般都需要经过“简化合并”，而热图一般使用通路中部分关键基因的表达量差异倍数（Log2FC）进行绘制，这样可以很好展示基因的上下调关系。当然，也可以用基因在不同样本的表达量绘制，直接展示表达量的高低。
绘制这类图表，其实有一个叫MapMan的软件可以实现。不过软件上手较难，自带的大多通络图很丑而且比较粗糙，虽然支持使用自己制作的图片，但准备位置mapping文件还是比麻烦。这样，还不如直接使用Ai（Adobe illustrator）编辑来得痛快，而且还能保存成画质更好的矢量图。
那么如何用Ai（Adobe illustrator）绘制这类通路组合示意图呢？需要先准备通路图和热图。
一、通路图绘制
关于通路图的绘制，最近已分享过两篇实操教程，分别是《如何绘制精美的基因代谢通路图？》和《如何绘制漂亮的通路示意图？》，这里不再赘述，我这里就直接使用《如何绘制精美的基因代谢通路图？》一文的绘图结果。当然，你也可以使用PPT绘制这样的通路示意图，具体方法可参考《如何用PPT绘制通路示意图？》一文。
关于这里用到的通路图不需要太详细，只要核心的结点即可，这样也便于用热图展示多个基因、代谢物等，下图是我随意简化合并后的效果，仅作参考。
二、热图绘制
绘制这样的组合图还有一个难题。多个热图的数据范围很难保持一致，也就是无法让多个共用一个图例。最简单的方法是将多个热图的数据先整合在一起画成一个热图，后期再用 Ai 拆分成多个小热图。
热图 画出方格边界，并将颜色设为白色，如下。
调整满意后，保存成svg格式的矢量图。
三、图表组合
先用Ai打开通路图文件，使用画板工具在旁边再创建一个画板（点击左侧的画板工具，在属性栏点击新建画板选项），如下，此步骤非必需，也可以直接将热图置入到画板外的灰色区域。
然后，通过文件 / 置入导入热图到画板2上，按住shift键等比例调整热图的大小。
然后选中热图，右键，执行取消编组。再次选中热图的格子部分，如下图，继续取消编组，大约需要重复3~4次取消编组，即可单独操作热图的每一个方格。
然后就可以使用小黑工具框选相应基因（代谢物）对应的热图网格，移动到通路图上，如下图。需要注意的是，画热图时先对基因排序，这样可以轻松选取目标模块。
完成移动后，删除画板2和热图的残余部分。当然，如果你想展示热图的每一列的信息，可使用矩形网格工具添加网格，使用文字工具添加注释信息，如下。
我这里就不额外绘制图例啦，最终的效果如下：
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视频链接：
参考文献
Guo J, Gu X, Lu W, et al. Multi-omics analysis of kernel development in response to short-term heat stress at the grain formation stage in waxy maize[J]. Journal of Experimental Botany, 2021.
DU Q, YANG J, Shah S Y D M S, et al. Comparative transcriptome analysis of different nitrogen responses in low-nitrogen sensitive and tolerant maize genotypes[J]. Journal of Integrative Agriculture, 2021, 20(8): 2043-2055.
发布于 2021-07-05 16:13
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