在很久很久以前，一个物种单一，逐步进化的时代。他们出生了！一个叫乔恩，一个叫莎莉。乔恩从小身材矮小，嘴巴前面长着两颗大门牙，是他获得食物的利器。莎莉从小体格高大，在疯狂动物城刚刚建立之初，牛市长发表了演讲，台底下观众们报以热烈的掌声。莎莉出生的时候，医院的医生们都吓了一跳，因为她长得太特别了，既不像阿爸，也不像阿妈，而且长相极其丑陋。爸爸妈妈都不想认她，想把送她到孤儿院，却她的种类没有被登记在花名册，没有孤儿院愿意接受她，她一天天长大，她长得越来越丑陋。没有人愿意跟她玩。因为她不属于被承认的物种。各个动物学校都不愿意接受他。这时一个叫乔恩，矮小的小老鼠，远远的看见莎莉跟自己同时处于被人看不起的境界。他悄无声息的走近莎莉跟前，弱弱地说了一句：你好，我叫乔恩。莎莉正在抹眼泪，听见这么微弱的声音。四周张望，没有任何人啊？不一会儿有个硬硬的东西碰到了她的蹄子，莎莉低下头看自己的脚发现了乔恩。突然扑哧的笑了起来。乔恩见多了这种不可名状的微笑，于是低头丧气的准备离开了。莎莉这时反应过来连忙叫住乔恩。并介绍自己说：你好。我叫莎莉。乔恩突然一下感觉世界豁然开朗，兴奋的转过头，从此就这样，两人成了学校里形影不离的好朋友。学校里的坏蛋们，最具有代表性的狐狸胡克，一看见乔恩和莎莉，就说：一个怪胎，一个侏儒，真是天生一对！其他的动物们都跟着笑了起来。莎莉低头，乔恩更是垂着头，两人就这样灰溜溜的走了。不一会儿，天空下起了大雨。老鼠乔恩赶紧拿出伞，莎莉就赤裸裸的淋在雨中，因为校车空间有限，她进不去，长颈鹿校车不允许她乘坐，原来乔恩得知，刮风下雨，冰天雪地，莎莉一个人独自回家。路过的校车里的同学们都吹着口哨，笑话着莎莉。这时乔恩从远处加速奔跑，来了个一级二级跳，居然蹦到了莎莉的头顶，然后肖恩举起自己的最大的伞，他保护了莎莉。这时莎莉留下了激动的泪水。莎莉问乔恩为什么不自己走，乔恩笑了笑，老鼠没有正大光明的道路可以走。莎莉再也没有说什么。但是乔恩很刻苦，他立志想当一个工程师，他坐在教室的前面就被其他同学赶了出来，坐在后排，他看不见黑板。于是莎莉坐在最后一排，乔恩坐在莎莉头上，两个人一起聚精会神的听着课，一起上下课，一起放学回家。日复一日，年复一年。莎莉和乔恩都逐渐长大了。莎莉的爸妈最终还是受不了舆论的压力，离婚了，他们都不愿意接受莎莉，莎莉无家可归了。可乔恩的父母非常欢迎莎莉，可是他们家太小，莎莉根本进不来。乔恩的阿爸也是工程师，所以为莎莉亲自建了一个大屋子。莎莉很是感激？就这样他们生活在一起。一年以后，乔恩考取了工程师资格证，正当大家庆贺的时候，莎莉怎么也高兴不起来，乔恩和父母都知道怎么回事。莎莉蒙着头在自己的屋子大哭了起来。乔恩敲了敲门，没有应答。动物城里的只有乔恩考上了工程师，他即将离开动物城了，他想来和莎莉告别，乔恩也很是不放心莎莉，但是没有办法。第二天，乔恩和父母告别，在汽车上挥手道别。突然莎莉出现了，满含热泪就这样看着乔恩离开了。
5年以后，疯狂动物城牛市长下台了，羊市长上台了，进行了城市化建设，并公布了一项重大决定。乔恩为了报效动物城，为了实现自己的梦想，建造一个地铁，大到长劲鹿都能上去，小到像他自己这样身材矮小的动物都能出行方便，坐上地铁，他回来了，在汽车上偶然翻报纸，看见了杂志封面，莎莉的照片，上面写着，“麋鹿被列为一级保护动物，”这时乔恩热泪盈眶，回到故乡，满街贴的都是海报，莎莉也从此正大光明的成为了海报模特，她自信了，不再因为自己的长相。乔恩看到了海报上莎莉的灿烂的微笑，就在乔恩抬头时，莎莉走了过来，说了一句：你好，我叫莎莉，乔恩四处张望，一抬头看见莎莉，两个人相互对视而笑。
