更换系统:WSL+Ubuntu
sudo apt remove gnome #可视化(卸载)
替换镜像源:
cd /etc/apt/
sudo cp sources.list sources.list.bk
sudo sed -i 's/http/https/g' sources.list
sudo sed -i 's/archive.ubuntu.com/mirrors.ustc.edu.cn/g' sources.list
sudo sed -i 's/security.ubuntu.com/mirrors.ustc.edu.cn/g' sources.list
更新
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
安装bioconda
#下载
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
#安装
bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
source ~/.bashrc
#卸载
rm -rf ~/miniconda
从环境变量中去掉miniconda:打开~/.bash_profile文件,删掉其中miniconda的路径,关闭并保存 删除隐藏的.condarc 、.conda以及.continuum文件
查找软件所有版本:conda search 软件名
conda install 软件名=版本号
软件列表:
查找软件安装路径:which 软件名
更新软件:conda update 软件名
卸载软件:conda remove 软件名
(Base问题:conda config --set auto_activate_base False)
创建小环境:
conda create -n rna python=2
# 创建小环境成功,并成功安装python2版本
# 每建立一个小环境,都要装一个python=2的软件作为依赖
conda activate rna
# 成功激活进入小环境,即可安装软件
# 退出小环境:
conda deactivate
安装软件:
fastqc hisat2 htseq sortmerna等
#conda install 软件名
conda install -c bioconda htseq
#清华网络报错:人为指定channel:
conda install -y -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda homer
conda sortmerna