SYMBOL 与 ENTREZID转换

访问NCBI ftp 下载数据
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/

gene2ensembl,gene2accession, gene2pubmed,gene2go以及
gene_info信息文件,它们的核心连接是gene的entrez ID号

人类的:
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/GENE_INFO/Mammalia/Homo_sapiens.gene_info.gz

最主要的前几列

#tax_id     #物种编号9606 是人类
#GeneID  基因ID 最新的;所以用旧的ID 无法转换,可以尝试参考中方法或者爬虫
#Symbol   基因名
#LocusTag   别名

#tax_id GeneID  Symbol  LocusTag
9606    1       A1BG    -       A1B|ABG|GAB|HYST2477

参考:
NCBI的基因entrez ID相关文件介绍
基因 ID 和 Symbol 转换

最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
平台声明:文章内容(如有图片或视频亦包括在内)由作者上传并发布,文章内容仅代表作者本人观点,简书系信息发布平台,仅提供信息存储服务。

推荐阅读更多精彩内容