下列脚本表示对物种为牛的mydata_raw SNP数据进行质控。
plink
--cow \
--file mydata_raw \ # --bfile mydata_raw
--mind 0.1 \ # 删除分型缺失率大于某阈值的个体
--geno 0.05 \ # 删除分型缺失率大于某阈值的位点
--maf 0.01 \ # 删除次等位基因频率低于某阈值的位点
--hwe 0.000001 \ # 删除HW平衡检验p值低于某阈值的位点
--recode \
--out mydata_raw_qc \
--noweb
