1. 背景介绍
LEfse分析即LDA Effect Size分析，可以实现多个分组之间的比较，还进行分组比较的内部进行亚组比较分析，从而找到组间在丰度上有显著差异的物种（即biomaker），主要是通过非参数因子Kruskal-Wallis秩和检验来实现的。
LEfSe2.0在线工具在1.0工具基础上，增加了LDA判别分析结果文件（仅含差异显著）。增加差异特征图，以及所有结果图的重绘功能。
工具链接：http://www.cloud.biomicroclass.com/CloudPlatform/SoftPage/LF2
2. 操作方法
lefse分析需要输入的文件包含OTU丰度表和分组文件，OTU丰度表支持biom格式和txt格式文件，分组文件只能是tab键分隔的txt文件。
2.1. 上传文件
可以使用凌恩生物扩增子结题报告中excel格式的OTU丰度表，位于结果文件夹的01.OTU_Taxa/ normalize/otu_taxa_table.xls，在使用前需要用excel打开，另存为制表符分隔的txt文件，示例文件如下：
2.2. 分组文件
分组示例文件如下，第一列为样本名，第二列为分组名
2.3. 选择参数
l 类间因子Kruskal-Wallis秩检验的Alpha值：默认为0.5
l 子类间配对Wilcoxon秩检验的Alpha值：默认为0.5
l 差异特征LDA对数值的阈值：默认为2
l 多组分类分析的分析策略：一对一或一对多（一对一约束更严格，一对多运行时间更长）
l 是否仅在子类名相同的情况下，进行子类间的成对比较：yes或no
选择完成后，点击“提交”按键开始分析
2.4. 查看任务
提交任务后，点击界面右侧的“历史任务”模块，或者点击界面“我的任务”，都可以查看任务编号、软件名称和状态等信息，点击任务编号，即可查看分析结果。
在任务详情界面，展示的是任务参数、结果文件列表和在线调整图片3个区域，提供结果文件下载和图片调整功能。
3. 示例图片
云平台提供进化分支图、LDA分析柱图和差异特征图，都可以根据需求在线调整。
4. 结果文件
结果文件包括LDA分析结果、含差异显著的LDA分析结果、进化分支图、LDA分析柱图和差异特征图，图片均为pdf格式。
LDA分析结果：第一列为物种信息，即每种微生物类群名称；第二列为每种微生物类群在各分组类别中丰度平均值中最大值的log10，如果平均丰度小于10 按照10来计算。（不过这不是原始表格中的丰度，而是标准化后的丰度，LEfSe自己有套标准化方法）；第三列为差异物种富集的组名称；第四列为LDA 值，用以评估其对观测到的组间差异的效应大小，该值越高代表该微生物类群越重要；第五列为Kruskal-Wallis秩和检验的 P 值，若显著，则将这些微生物作为解释类别之间差异的biomaker来看待；若不显著，则该列值为“-”。
LDA判别分析结果（仅含差异显著）：第一列为物种信息，即每种微生物类群名称；第二列为每种微生物类群在各分组类别中丰度平均值中最大值的log10，如果平均丰度小于10 按照10来计算。（不过这不是原始表格中的丰度，而是标准化后的丰度，LEfSe自己有套标准化方法）；第三列为差异物种富集的组名称；第四列为LDA 值，用以评估其对观测到的组间差异的效应大小，该值越高代表该微生物类群越重要；第五列为Kruskal-Wallis秩和检验的 P 值
注意事项
1. 分组文件必须为两组及以上；
2. 组内重复必须≥3，否则无法完成分析；
3. 进化分支图下方的biomarker物种默认显示纲目科三个分类层级，biomarker物种过多会显示不全，可以通过下方标签调整分类学层级范围
