QIIME2是微生物分析流程QIIME1的全新版。QIIME2在解决了QIIME1存在的局限性（比如序列降噪，结果可视化等）的同时，也继承了QIIME1强大且应用广泛的特点，具有不可替代的优势。

一、QIIME2主要优势

1、修正测序错误，注释更为精准

QIIM2使用DADA 2降噪方法获得扩增序列变体（ A S Vs），DADA2可以修正扩增子的测序错误，确定更多的真实变异，且它不再以相似度聚类，只进行去重或者说相当于以100%相似度聚类，相比于传统的以97%相似性聚类获得的物种注释信息会更准确。

2、全新可交互式图形系统，可视化功能更强大

QIIME2除展示统计表格、静态图片外，还可以交互式网页以及组合的可视化形式呈现。在交互式图片中，可以选择参数、展示样本还是组别以

及实时下载CSV图片。

3、每一步分析结果均可追溯、可重复，结果具有重现性

QIIME2全新定义了文件系统，既包括分析数据、也包括分析过程和结果，每一步结果均可追溯全部分析过程，方便检查和重复。

4、不同批次数据可直接合并分析

QIIME2以100%相似度聚类，合并分析无需重新聚类，直接合并特征序列丰度表即可进行后续的标准分析工作。

5、具有可拓展的微生物组分析功能的插件系统

根据目前最新的QIIME2官方技术文档，QIIME2已经包含40余种插件，并且还在不断研发中，以期提供更完善的服务。

二、QIIME2分析流程

全流程QIIME2分析，内容包括 ASVs分析及物种注释、α-多样性、β-多样性、物种差异与标志物种分析、组间群落结构差异显著性检验、环境因子关联分析以及功能预测等，技术路线如下：

三、QIIME2云平台简介

扩增子QIIME2云平台，具有丰富多样的分析点，任意调整的名称/分组，交互炫酷的图片展示，便捷操作的一键化分析，快速高效的批量下载/删除，个性定制的分析报告等多样化的云平台服务，云平台主要优势如下：

1、任意调整的名称/分组——无限制的免费重分析

2、交互炫酷的图片展示

3、简单便捷的一键化分析——多个分组/层级一键选择分析

4、简单高效的批量下载/删除

5、个性化定制的分析报告——在线生成网页版报告