一、安装加载R包

1.设置镜像
options函数就是设置R运行过程中的一些选项设置
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #对应清华源
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") #对应中科大源
2.安装
R包安装命令是install.packages(“包”)或者BiocManager::install(“包”)。取决于你要安装的包存在于CRAN网站还是Biocductor，存在于哪里？可以谷歌搜到。
3.加载
library和require，两个函数均可。使用一个包，是需要先安装再加载，才能使用包里的函数。

image.png

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二、dplyr五个基础函数

1.mutate(),新增列mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)

2.select(),按列筛选
（1）按列号筛选

select(test,1)

select(test,c(1,5))

select(test,Sepal.Length)

（2）按列名筛选

select(test, Petal.Length, Petal.Width)

vars <- c("Petal.Length", "Petal.Width")

select(test, one_of(vars))

3.filter()筛选行

filter(test, Species == "setosa")

filter(test, Species == "setosa"&Sepal.Length > 5 )

filter(test, Species %in% c("setosa","versicolor"))

4.arrange(),按某1列或某几列对整个表格进行排序
arrange(test, Sepal.Length)#默认从小到大排序
arrange(test, desc(Sepal.Length))#用desc从大到小

5.summarise()：汇总
对数据进行汇总操作,结合group_by使用实用性强
(1)#计算Sepal.Length的平均值和标准差

summarise(test, mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))

(2)先按照Species分组，计算每组Sepal.Length的平均值和标准差

group_by(test, Species)
summarise(group_by(test, Species),mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))