1.trimmotic质控
trimmomatic-0.30.jar PE -phred33 all.R1.fastq all.R2.fastq trim.1.fastq unpair.1.fastq trim.2.fastq unpair.2.fastq LEADING:0 TRAILING:20 SLIDINGWINDOW:50:20 MINLEN:50 2> trim.log
2.flash拼接
flash -m 10 -M 100 -x 0.2 -p 33 -t 6 -d merge -o all.trim trim.200.1.fastq trim.200.2.fastq >merge.log
3.创建一个barcode.list文件，样品名+ barcode; 然后直接进行下列命令
barcode list格式
4、拆分
less 3.trim.extendedFrags.fastq | fastx_barcode_splitter.pl --bcfile barcode.list --bol --mismatches 0 --prefix data --suffix ".fq"
使用软件：
http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/commandline.html
https://ccb.jhu.edu/software/FLASH/
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