计算线粒体基因组每个碱基位点的Depth

# 建立线粒体基因组序列索引

bwa index mitochondria.fasta

#mitochondria.fasta替换成已经组装好的线粒体基因组序列文件

# 比对

bwa mem mitochondria.fasta read1.fastq read2.fastq > alignment.sam

#sam转bam格式

samtools view -Sb alignment.sam > alignment.bam

#bam文件排序

samtools sort alignment.bam -o sorted_alignment.bam

#samtools计算depth

samtools depth sorted_alignment.bam > depth.txt

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