我们吃下的食物，在消化道被吸收之后，其营养成份被肠壁吸收而入血液。这些营养成份在体内大致有三种作用：一是作为“建筑材料”被用于新细胞的构建；二是作为“能源物质”被用于躯体、脏气、运动和各种新陈代谢活动；三是作为调节物质被用于各种生理反应或维持渗透压。
但是肌体吸收的营养物质，往往超过身体所需的份量，这些多余的营养成份就是通过化学转化作用，贮藏于体内，一旦辟谷，这些贮存的营养成份就被肌体所动用，再次通过化学转化作用，从贮藏部位“析出”而进入血液运至所需部位被重新利用。
体重的变化
在辟谷的第一天至第五天时体重减轻最为明显，一天平均会减轻1至2千克，从第五天前后，每天减轻0.5至1千克。以后几乎都以一定的递减方式在减轻体重（有时也例外）。
内脏器官的变化
从脏器的体积来讲，随着断食天数的增加，肌肉减少较多。肺、骨骼神经等器官的结构不易减少。肾上腺和甲状腺反而增大，辟谷的前3天胃液照常分秘，故有饥饿感是辟谷最难的时期。3天至1周以后胃因长期没有食物，胃液分秘便会减少，饥饿感并降低。
生理机能的变化
辟谷期间高血压患者的血压会显著下降，而低血压患者反而会上升。正常血压者一般也略有降低。脉搏和呼吸频率没有太大变化，但视觉、听觉、触觉会变得更敏锐，记忆力和联想力也会增强。白细胞总数量在此时第1周内没有改变，第7天后开始增加，到第11天起急速增多，日增1.57倍以上，说明辟谷能提高肌体免疫力。
舌苔的变化
辟谷期间，口腔内粘着性增多，照镜子看舌面长了黄白色的舌苔，甚至有些出现黑色舌苔，10天以内很少清洁，若继续辟谷，舌苔会清洁，表示身心、净化可继续辟谷，效果非常理想，已达到排毒标准。
排泄的变化
辟谷期间大便次数一般在开始后的最初1-4天内排一次便，这种大便叫“宿便”，它的颜色一般是黑绿色，黑色或茶褐色，呈泥巴状（也有少数例外）且均有恶臭气味与正常大便差异较大。
宿便的排除只见于辟谷期间，宿便一经排出体外，顿觉全身舒爽轻松愉快。在饮水不多情况下尿量会逐渐减少，颜色变浓，排尿次数并减少，如饮水正常，尿量、色，也正常，排尿次数与辟谷前无甚差异。
代谢的变化
辟谷均可导致肌体内部发生一系列代谢改变。这些变化一般都是在激素的影响下，各组织细胞从依赖食物提供葡萄糖，逐步适应了靠自身储存的脂肪，作为主要能量来源的过程。
辟谷肌体的主要能量来源是储存于体内的蛋白质和脂肪，其中脂肪约占能量来源的85-90％，早期肌体主要靠糖异生和周围组织以脂酸和酮体为燃料，节省葡萄糖的利用，使血糖水平维持恒定，保证脑组织正常活动的需要。辟谷晚期又以脂酸氧化供能为主，而节省酮体的利用，脑则以酮体代替葡萄糖作为主要能源，减少蛋白质的消耗。
但饥饿发展到最后，待储脂肪耗尽时又需大量蛋白质长期的净负氮平衡体内蛋白质丢失1/3至1/2时，则可不避免地导致死亡。在整个饥饿适应中，血胰岛素/高血糖素始终具有最重要的调节作用。
