第一讲：如何设置自己的电脑工作环境

1.1 前言

设置自己的电脑environment, 对生信工作人员来讲是十分重要的。一个良好的EVN 设置可以让工作事半功倍。这里我不在赘述如何使用Linux/Unix, 感兴趣的同学可以自行学习常用的操作语句（CMD）。本讲我主要介绍如何设置 .myProfile， .bashrc （对于MacOS用户，这里应该是 .profile）和 .vimrc。

1.2 自定义Bash

不同的人对于bash 的使用有不同的喜好，例如一些人喜欢用别名去代替一些标准的 bash语句 (standard syntax)，这里我给大家介绍一些自定义 bash 的方法。

1.2.1 如何设置 .myProfile

在bash环境中大家可以自定义一些语句去取代已有的bash语句，通常大家可以在自己的$HOME里建立一个.myProfile 文本去储存一些常用的且不变的语句。

下面我给大家提供一个文本演示以方便理解

############# Andy's Profile ###########
##### alias
alias ll='ls -trhl'
alias la='ls -la'
alias lh='ls -lh'
alias h='history'
alias m='more'
alias rm='rm -i'
alias e='exit'
alias ..='cd ..'
alias dir='pwd'
alias cp='cp -i'
alias mycp='rsync -avh --progress'
alias mac2unix="perl -pi -e 's/\r/\n/g' "
alias clear='/usr/bin/clear'
alias readlink='readlink -f'

通过这个文本大家可以清晰地看到我（Andy）的一些bash日常使用习惯。这里大家可以根据自己的爱好自由去设置一些语句以提高自己的工作效率。具体的设置可以参考 alias customised syntax='the standard syntax'

除了一些简短的语句设置以外，大家也可以进行一些其他的设置，例如工作地址（ws），数据地址（data）和工具地址（tools）。下面看下例子：

alias ws="cd /full/path/to/your/workDir"
alias data="cd /full/path/to/your/dataDir"
alias tools="cd /full/path/to/your/toolsDir"

通过以上设置，大家可以很方便且较容易记忆一些自己喜欢的语法。

1.2.2 自定义远程超算登录和密码设置

对于生信工作者来说，登录超级电脑或者我们常说的服务器（server）和 cluster 等等是在正常不过的事情了，如何解决忘记账号域名的尴尬，这里我给大家介绍一种简单的方案--就是在自己的.myProfile中设置 ‘function’ 功能，例子如下：

function zeus() {
        THIS_USER=$1; if [ $# -eq 0 ]; then THIS_USER='yyuan'; fi
        ssh -X ${THIS_USER}@zeus.pawsey.org.au;
}

这里大家需要设置的是自己的账号名（THIS_USER），超算地址/网址和自己方便记忆的超算名字。至于密码的设置大家可以用public key 去储存自己的密码。具体如下：

步骤1：在自己的本地电脑上建立公用和私用密码（create public and private keys using your local computer)

ssh-keygen

步骤2：复制公用密码到远程电脑（Copy the public key to remote-host）

ssh-copy-id -i ~/.ssh/id_rsa.pub userid@MACHINENAME

步骤3：登录（Login）

chmod 600 ~/.ssh/.id_rsa; ## local computer
chmod 600 ~/.ssh/authorized_keys ## remote-host
ssh userid@MACHINENAME

完成这些设置后，您可以直接登录远程电脑而且不用输入密码了。

1.2.3 设置.bashrc

.bashrc, .profile 或者.bash_profile 在登录Linux或者MacOS时会自动执行。如果你的$HOME里没有这个文档可以自行设置一个。在这个文档中你需要引用上面的.myProfile。不然上面的设置就不会响应。具体如下：

source $HOME/.myProfile

在.bashrc里你也可以进行PATH 或者library 的设置。具体看你需要什么样的环境了。例子如下：

export LANGUAGE=en_US.UTF-8
export LC_ALL=en_US.UTF-8
export LANG=en_US.UTF-8
export LC_TYPE=en_US.UTF-8
export PATH=/the/full/path/you/want/to/add:$PATH

1.2.4 设置文本编辑器

在Linux/Unix 环境中，文本编辑是必不可少的。通常有以下几种编辑工具：nano,emacs和vim。这里我给大家介绍下如何设置.vimrc。
首先如果你的$HOME里没有.vimrc你可以自行建立一个。根据个人的需求你可以设置.vimrc 如下：

syntax on

set nu
set confirm
set tabstop=4
set hlsearch
set incsearch
set cursorline
hi CursorLine ctermbg=lightgrey ctermfg=red
hi CursorLine ctermbg=lightgrey ctermfg=red

最后编辑于：2019.01.29 18:49:18