01
基于8万+单细胞多组学数据绘制的第一版高精度人类肾脏组织图谱
肾脏是人体中具有最多样化细胞群和空间组织的器官之一，探索肾脏组织内的结构-功能关系对于了解肾脏的生理学和病理学特征具有重要意义。
该研究对56名健康成人志愿者的肾组织进行了单细胞转录组学、蛋白质组学、两种基于成像的空间转录组学和一种空间代谢组学的检测，并对这些多组学数据进行整合，基于单细胞转录组数据识别对应区域的细胞类型和基因表达，转录组和蛋白组数据突出了基因或蛋白质的相对表达水平对指示肾脏相应解剖区域的重要性。然后结合空间转录组数据，确认了沿肾单位和间质排列的不同细胞亚型。
通过多组学数据整合，不仅能够从不同维度解析机体的功能，也能提高结果的准确性。该研究所绘制的人类肾脏组织图谱可为肾脏组织细胞的分子分类提供新的框架，帮助定义患者在不同疾病状态下受到的分子干扰。
02
Cell文章：单细胞转录组解析黑色素瘤颅内与颅外脑转移细胞图谱差异
脑转移是许多恶性肿瘤发展的终末期标志，排名前三的是肺癌、乳腺癌和黑色素瘤。许多脑转移的病人免疫治疗响应不理想，导致生存率低。但是为什么有的人容易发生颅内转移，而有的人容易发生颅外转移呢？
本篇文章收集了22例未经治疗的黑色素瘤颅内转移病人样本和10份颅外转移样本，通过单细胞测序技术，得到114455个单细胞转录组，确定了9种细胞类型，同时结合跨度15年的冷冻病理样本进行多组学检测，发现颅内转移恶性肿瘤细胞的基因组变异比颅外转移更大，基因组更加不稳定；然后作者比较了颅内和颅外转移肿瘤细胞的异同，基因聚类结果显示颅内转移的肿瘤细胞高表达肿瘤生长发育、肿瘤环境维护以及神经元分化、形变以及粘附的基因，氧化磷酸化和PI3K等信号通路也高度活化；而颅外转移则高表达表皮细胞向间充质转变的基因，高度活化的通路包括细胞粘附以及MTORC1等，进一步确证了颅内和颅外转移的异质性；机制研究结果发现除了颅内转移的肿瘤细胞具有神经元样表型有可能促进肿瘤颅内转移之外，单核细胞来源的巨噬细胞的原致癌特性和浆细胞的空间依赖性也有可能参与了肿瘤的颅内转移。
总之，本文作者通过多维度单细胞图谱分析揭示了人黑色素瘤未经治疗情况下颅内转移和颅外转移的区别，包括基因组和转录谱变化以及肿瘤微环境差异。
03
同济大学王佐林团队鉴定颌面骨再生新细胞谱系
括上颌骨和鼻骨在内的颌面骨是影响中脸轮廓和功能的重要骨骼结构。不同原因引起的颌面骨缺损会严重影响面部轮廓以及言语、咀嚼和吞咽等生理功能。上颌骨体内有一个特殊的解剖结构，称为上颌窦，其腔内衬有Schneiderian膜（SM），是呼吸上皮的延伸，前期有研究表明颅骨区域的骨祖细胞主要位于颅骨的骨膜或缝合间质，在轴向或四肢骨组织再生能力随着年龄和雌激素的减少而下降。而1210例MSFL后上颌骨再生临床病例的影像学分析显示，鼻窦内成骨效果与年龄和性别无关，这可能与排列在鼻窦腔内的Schneiderian膜有关。
本研究利用小鼠模型来模拟临床MSFL。通过单细胞RNA测序和基于流式细胞术的批量RNA测序，鉴定了一种新的Krt 14+Ctsk+细胞亚群，它同时具有上皮和间充质特性以及骨祖细胞的转录组学特征。谱系追踪和功能丧失分析发现Krt 14+Ctsk+后代对MSFL诱导的成骨和生理性骨稳态都有贡献。
该研究表明Krt 14+Ctsk+细胞可作为颌面骨再生中骨祖细胞的新谱系。
04
颠覆认知：单细胞助力发现一类新的ILC3亚群并揭示其在促进肠道健康中的作用
哺乳动物的肠道中富集着一群高表达类视黄醇相关孤儿受体γ(RORγt)的免疫细胞，其中就包括III型固有淋巴细胞（ILC3s），ILC3在肠道疾病中的作用已经有多篇文章研究，中科院生物物理所范祖森和王硕在cell research的一篇文章就曾提到ILC3s转换为ILCregs，会促进肿瘤生长，干预ILC转化率可能是CRC免疫治疗的一种策略。无独有偶，在Cell的一篇文章中也提到TGF-β信号在ILC3s向ILCregs转化中非常重要，阻断TGF-β可以抑制ILCreg的分化，进而改善结直肠癌的免疫治疗。
本文则是从RORγt+免疫细胞出发来解析小鼠肠道免疫细胞的异质性，然而却发现ILC3亚群特异性表达cDC的转录因子ZBTB46，尤其实在CCR6+亚群中，并且研究发现炎症信号能够显著上调ILC3中ZBTB46的表达，其表达水平与疾病进程相关。研究人员进一步利用ZBTB46敲除小鼠研究发现ZBTB46能够抑制ILC3的促炎反应，增强肠道免疫耐受，ZBTB46+ILC3能够促进肠道健康微环境，是肠道中重要细胞因子IL-22的主要来源，该细胞群确实会增加肠道致病菌感染风险和相关炎症的易感性。
该研究挑战了传统免疫学的理论认知，发现了一个新的表达ZBTB46的免疫细胞亚群，并揭示了其调控肠道稳态的作用机制。
05
单细胞核RNA测序揭示胶质母细胞瘤进展过程中的免疫图谱
本研究通过scRNA-seq和流式细胞术对基因工程小鼠正常大脑和GBM两个发展时期的样本进行分析，揭示了整个肿瘤过程中免疫细胞组成的大规模、全面的纵向变化。
随着GBM发展，发现GBM中存在一个高度增殖的小胶质细胞群体，并且大部分细胞因子及其受体在免疫细胞中表达，很少来自EGFR+癌细胞；在晚期的肿瘤中发现了抗炎的巨噬细胞和致癌原细胞。髓源性抑制细胞，这种演变与血脑屏障的破坏和表皮生长因子GBM+细胞的广泛增长相一致。IR/TMZ治疗能够通过促进效应CD8T细胞功能，提高生存期。
本研究结果为GBM进展过程中免疫和非免疫细胞的动态变化提供了一个新的视角，也为疾病的治疗指明了新的方向。
参考文献：
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