1. 网页版工具地址

Predictions of proteasomal cleavage：

NetChop 3.1 Server：http://www.cbs.dtu.dk/services/NetChop/

Predicts binding of peptides to HLA alleles：

NetCTL 1.2 Server： http://www.cbs.dtu.dk/services/NetCTL/

NetMHC 4.0 Server：http://www.cbs.dtu.dk/services/NetMHC/

IEDB：http://www.iedb.org/

2. 安装方法

这几个软件都有本地版（stand-alone software package），需要学术机构的邮箱去注册，注册之后立马会收到一个四小时之内有效的下载连接；

NetChop,NetCTL,NetMHC三个软件的安装步骤大致相似，阅读readme文件可知都需要修改下软件脚本，设置下软件路径和一个存储临时文件的路径。NetMHC还需要从http://www.cbs.dtu.dk/services/NetMHC-4.0/data.tar.gz下载一个data文件。

安装完成之后执行测试文件：

../netMHC test.fsa > test.fsa.myout

IEDB的本地安装方法暂未探究；

3. 使用及阈值设定

NetMHC预测的亲和力阈值一般设定在500nm（参考文献：Å�uksza M, Riaz N, Makarov V, et al. A neoantigen fitness model predicts tumour response to checkpoint blockade immunotherapy[J]. Nature. 2017.）

IEDB的ic50值一般要低于500（参考IEDB的帮助文档）；