1. 网页版工具地址
Predictions of proteasomal cleavage：
NetChop 3.1 Server：http://www.cbs.dtu.dk/services/NetChop/
Predicts binding of peptides to HLA alleles：
NetCTL 1.2 Server： http://www.cbs.dtu.dk/services/NetCTL/
NetMHC 4.0 Server：http://www.cbs.dtu.dk/services/NetMHC/
IEDB：http://www.iedb.org/
2. 安装方法
这几个软件都有本地版（stand-alone software package），需要学术机构的邮箱去注册，注册之后立马会收到一个四小时之内有效的下载连接；
NetChop,NetCTL,NetMHC三个软件的安装步骤大致相似，阅读readme文件可知都需要修改下软件脚本，设置下软件路径和一个存储临时文件的路径。NetMHC还需要从http://www.cbs.dtu.dk/services/NetMHC-4.0/data.tar.gz下载一个data文件。
安装完成之后执行测试文件：
../netMHC test.fsa > test.fsa.myout
IEDB的本地安装方法暂未探究；
3. 使用及阈值设定
NetMHC预测的亲和力阈值一般设定在500nm（参考文献：Å�uksza M, Riaz N, Makarov V, et al. A neoantigen fitness model predicts tumour response to checkpoint blockade immunotherapy[J]. Nature. 2017.）
IEDB的ic50值一般要低于500（参考IEDB的帮助文档）；
