进行序列比对之前，需要首先对参考基因组序列建立索引，这样使程序在运行时能更高效的进行比对。
用bwa工具举例（假设用于比对的参考基因组序列文件为AF086833.fa）：
bwa index AF086833.fa
每个程序建立索引的类型不一样，生成的文件数量，命名方式，扩展名都有可能不同，因此，最好将参考基因单独放在一个文件夹中。
比对的时候调用参考基因组文件仍然用AF086833.fa，其他生成的索引文件程序自动用于比对过程，不需要在命令行中体现，
bwa mem AF086833.fa SRR1972739_1.fa > output.sam
比对后生成Sam文件。如果是双端测序的比对，在后面加上另一个read文件就可以了。
通常Sam文件包含了所有样本与比对的信息，即所有fastq中的信息在Sam中都有体现，因此比对之后一般很少再查看fastq文件。
