go,kegg,gsea的取舍(一)

做的过程中发觉三个都是富集分析,在搜索后,初步的结论是

go,kegg是富集差异显著的基因,gsea是富集差异基因,只要参与,P值在0.049也可以参与富集

但是go,kegg不可以,只能富集显著的

这样的话gsea是对go,kegg的一个补充,可以把不是很显著的基因也做富集分析,从而达到物尽所用,把所有差异基因都可以用上

所以go,kegg之后也可以做gsea,因为就是一个富集分析,只是在文章展示的时候会有筛选,只写好的

go,kegg与用gsea做go,kegg

R包的选择:做go,kegg

R包,然后就是图形展示

用的什么数据,数据格式,直接R包开始就可以

go、kegg尽量用EntrizeID,因为(gene symbol)会引起不必要的缺点(至于为什么。么有测试过,都是别人说的

但是在用symbol转为RntrizeID的时候产生丢掉了一些基因;所以这个在探针转换的时候是否就需要两手准备,一个genesymbol,一个EntrizeID)

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