复现SCI文章多序列比对相似性表格（二）—DNA序列相似性

前面通过视频给大家介绍一下我们要复现的内容

☞ 复现SCI文章多序列比对相似性表格（一）

就是下面这篇文章的Table2

表格如下，一共有23种不同的肝炎病毒株

表格中，右上三角是23种病毒株的DNA序列，两两之间的序列相似性。左下三角是23种病毒株的氨基酸序列，两两之间的序列相似性。

今天我们先来计算，DNA序列两两之间的序列相似性。

1）数据获取这里文章的表格中已经给出了23个病毒株的ID号，在表格的行名中。直接贴到NCBI数据库就可以下载相应的DNA序列和氨基酸序列。

2）计算DNA序列两两之间的序列相似性，这里有23种病毒株，所以需要计算253次。

最终我们可以得到下面这个DNA序列两两之间的相似性

获取完整数据+R代码+详细注释

今天的分享就先到这里，希望对大家的科研有所帮助。