CRISPR-Cas9基因敲除sgRNA设计

大佬说,我只说一次,你自己要记住
以最火热的p53为例

Step 1 先找p53基因序列

1. NCBI--输入p53并选择物种human:tumor protein p53 [Homo sapiens (human)]

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene

image.png

2. Ctrl+F,输入sequence,快速定位(当然其实拉下去就是了),点击Genebank
image.png
3. 下载p53基因序列
4. 用SnapGene软件打开序列,并简单了解每个元件

最好是可以学一下SnapGene这个软件的使用方法(有视频),个人认为,自行查资料理解每一个元件的含义和作用,可以帮助更快的补充背景知识。通过将散落的知识点集合起来,最后拼凑成自己的知识地图。

image.png

那么,为什么看起来好像这些mRNA都一样,怎么不只放一条完事了?不是滴。。。还有不一样的mRNA。

image.png

在学生信的时候,听到过一个词,“可变剪接”,有了初步印象之后,在这里才算是实实在在看到了,我认真的数了数,mRNA画了15条,TP53蛋白也画了15条。那么我们可以理解为,TP53有15个亚型,当然,每个亚型都有自己的mRNA。

Step 2 分析敲除位点(找到合适的敲除位置)

怎么样才能通过尽量少的sgNRA数量,去敲除尽量多的TP53蛋白。既然是做knockout,那一定是要所有的亚型都不能表达。那么既然如此,就是要敲除掉这些亚型共有的区域,而且越前面越好(如果只敲除尾巴,TP53合成了半个身子,半个身子的TP53说不定也能起作用),另外,也不能敲除掉内含子(说是,如果敲掉了,可能会形成进的剪接,就有新的蛋白出现)----知识点好伐~

1. 发现所有亚型共有区域
image.png
2. 查看详细信息,得知第一个segment(片段)是从12417-12498,一共82 bp
image.png
3. 在Sequence中查看,复制一整个segment的碱基序列如下
image.png

segment碱基序列atggccatctacaagcagtcacagcacatgacggaggttgtgaggcgctgcccccaccatgagcgctgctcagatagcgatg

Step 3 设计sgRNA

首先,先附上鼎鼎大名的张峰实验室提供的网页 https://zlab.bio/guide-design-resources

1. 打开网页,选择网页工具--博德研究所
image.png
2. 粘贴序列,一步到位
3. 查看结果
image.png

我没有写结果怎么查看,或者分析结果耶,因为。。。因为做到这里,真正想学的人,感兴趣的人早就去看了。

4. 选择目的序列

略略略,哈哈哈哈哈~~

感谢师兄DZ

最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 205,386评论 6 479
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 87,939评论 2 381
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 151,851评论 0 341
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 54,953评论 1 278
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 63,971评论 5 369
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 48,784评论 1 283
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 38,126评论 3 399
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 36,765评论 0 258
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 43,148评论 1 300
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 35,744评论 2 323
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 37,858评论 1 333
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 33,479评论 4 322
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 39,080评论 3 307
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 30,053评论 0 19
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 31,278评论 1 260
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 45,245评论 2 352
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 42,590评论 2 343

推荐阅读更多精彩内容

  • 8种特殊建库测序 8种特殊建库测序 1. RNA-seq 2. 外显子测序 3. small RNA-seq 4....
    wangchuang2017阅读 13,091评论 2 92
  • 氨基酸是蛋白质的基本结构单位,参与合成蛋白质的氨基酸有20种,可作为原料在核糖体工厂通过肽键连接形成多肽链,都有密...
    官敏慧阅读 5,473评论 0 7
  • 刘小泽写于18.12.25各种各样的基因研究,总有那么些经典的基因,如果不理解基因代表的生物学意义,那么做分析也是...
    刘小泽阅读 2,362评论 2 34
  • 执笔法 即写毛笔字以手指执笔管的方法。执笔,是进行写字活动的基本手段。大致有如下几点:如双苞(即双钩)、单苞(即单...
    书法人生阅读 1,954评论 2 32
  • 今天晚上的星星很少,不知道它们躲哪里去了,赤裸裸的天空星星多寂寥,我以为伤心可以很少,我以为我能很好,谁知道一想你...
    邵家五少阅读 159评论 0 1