1. 问题

  最近在使用R读取数据的时候，发现数据本来的行数与读入后的行数严重不符合，比如TCGA-OV的表型数据，实际数据是759行，但是读入后R只有379行，而且试了好几遍，读入命令如下：

ph<-read.table('TCGA-OV.GDC_phenotype.tsv',sep='\t',header=T)
dim(ph)
#[1] 379  98
#wc -l TCGA-OV.GDC_phenotype.tsv
#759

2. 解决问题

  通过查询相关问题，发现其实别人之前也遇到过类似的问题，比如read.table/read.delim读入数据行数变少？有介绍，其实就是quote参数的问题，将quote设定为：quote=“”即可，究竟是什么原因造成的，这主要是由于我的数据中有特殊符号：‘，这将会造成，因此以后为了读取数据的方便和准确性，还是尽量的直接加上这个参数：

ph<-read.table('TCGA-OV.GDC_phenotype.tsv',sep='\t',header=T,quote="")
dim(ph)
[1] 758  98