玉兰茶馆开张那天，到外演出的丈夫阿根背着一个流浪叫小雨的小女孩回来。觉得这个小雨挺可怜的，玉兰当即说要收养她。可当她知道小雨是艾滋病的遗孤后，马上改变主意，要阿根把小雨送走。
可公公田茂林坚决要把小雨留下来，起初玉兰颇有微词，但她向来尊敬公公，不敢将小女孩强行赶走。
担心小雨身体潜伏着可怕的艾滋病，玉兰让丈夫用消毒水把整个茶馆消毒了一遍，并让小雨住到柴房去。
其实，田茂林是个唱评弹的艺人，小雨刚出来流浪时，曾到他卖艺的地方听评弹，他觉得小雨小小年纪对评弹有兴趣真难得。如此，儿子把小雨带回家，他当然愿意把小雨当成孙女。
只是小雨把母亲临死前写给她的一封信带在身边，那封信说，小雨的爸爸妈妈为了给她爷爷奶奶治病欠下很多债，只能靠卖血还债。可在卖血的过程中不幸染上艾滋病，让她离开家乡逃得远远的，并把信撕掉。
小雨觉得那是妈妈留给她唯一的东西，总是随身带着。在玉兰准备收养她为女儿时，玉兰的儿子南南给她一双鞋，还抢过她的包裹准备丢掉。就在这时，发现了这封信。
看了信得知小雨是艾滋病的遗孤，玉兰马上改变主意，要阿根把小雨送走。玉兰的表姐也在惊恐中悄悄地回家了。
田茂林觉得小雨如今的遭遇，和他小时候太相似了。那时，他一家患上瘟疫，族长不让他们出门，一场火灾只留下奄奄一息的他。幸好遇上好心的师傅，将他救回家挽回性命，还教他学艺，让他过上幸福的生活。他还牢牢记着师傅的话：忠厚传家远，要给小雨一个家的决心更坚定。
可表姐把小雨是艾滋病遗孤的事在村子里抖出来后，玉兰的茶馆变得门庭冷落，而且村民看见玉兰也开始躲闪，她的茶馆不得不关闭了。
要知道，玉兰开茶馆可借了表姐八万块钱，这日子可怎么过呢？她和阿根又吵架了，还逼着阿根把小雨送走。
考虑再三，田茂林便带着小雨再次走街串巷唱评弹。虽然观众都喜欢田茂林的评弹，但听闻小雨是艾滋病的遗孤，没有老板愿意请他。
毫无办法，田茂林便与小雨到医院咨询，让人躲避不及的艾滋病会通过何种途径传染。医生告诉他，艾滋病传染的途径有三种，一种通过血液传染，一种通过母婴传染，还有一种是通过性交。
明白了艾滋病没有人们想象那么具有传染性，田茂林又带着小雨返回家。只是，玉兰患了头疼病在痛苦地呻吟，孙子南南也感冒发烧了，让表姐觉得都是小雨害的。
请来村医来给南南看病，他说南南只是普通感冒，而玉兰的头疼病则是一着急上火就会复发。
在远远地观望着玉兰的小雨听奶奶说过，头疼病可以用珍珠粉治好，但必须用南方的大蚌体内的珍珠。如此，她不顾已是晚上，还下着磅礴大雨，冲了出去。
给南南和玉兰看了病后，村医也向田茂林一家人讲解了艾滋病的三种传染途径。还表扬了田茂林心有大爱扶贫救难的高尚情操。
听了村医这么说，玉兰和表姐的偏见也不复存在了。可这时，大家发现住在前院的小雨不见了。田茂林着急得也想冒雨去寻找，可大伙让他在家等着，他们分头出去寻找。
尽管大伙都在雨夜里大声呼喊小雨，可除了雨声，便没有任何回响。直到天亮了，大伙依然没有找到小雨。
其他寻找的人都回家去了，玉兰也精疲力尽地往家赶。可在河边的玉米地前，她发现了小雨穿的那双鞋，她蹲下了身子。
可就在这时，小雨从不远处的河里站出来，她手捧着大蚌对玉兰说；”婶婶，终于找到一只有珍珠的大蚌了。我奶奶临死前说，这里的珍珠能治头疼病的。”
玉兰哭着走上前去，紧紧搂住小雨，后悔的泪水不断地涌出来，她终于认小雨为女儿了。
不久之后，附近的村民也清楚了艾滋病的传染途径，不再躲着小雨了。玉兰茶馆又开张了，田茂林在茶馆唱评弹，每天前来喝茶听评弹的顾客络绎不绝。
小雨还获得去参加北京参加艾滋病遗孤夏令营的机会，阿哥和田茂林送她坐船。表姐、玉兰和南南来送行，渴盼着一个月夏令营结束后小雨再回来，一家人乐享其乐融融的生活。
这是电影《烟村三月》的故事情节，主要围绕心有大爱的爷爷不顾家里反对，执意要收养善良的小雨为孙女，让原本幸福的家庭硝烟四起后，爷爷用科学以及真情，让家里的阴霾散尽，重归原本的幸福。爷爷的执着和和小雨刻在骨子里的善良让人动容。
其实，只要了解艾滋病的传染途径，就能明白，就算和艾滋病人共同生活，共同吃饭，只要避免传染途径，也丝毫不会影响我们的健康。
因此，在众人在对某一种疾病恐慌时，千万不要雪上加霜地传谣，让恐慌升级。这时，最可行的办法就是相信科学，做好防护。这样做，既能保护自己，也能让患者得到人性化的关怀。
