《山海经》神秘的第三个原因在于它独特的形式，这种形式主要表现在它是一本图文配合的古籍。
从东晋人郭璞的注文中，可以看出来，那个时期看到的《山海经》是以图为主的，经文应该是对图像的解释。这之后明人杨慎、胡应麟，清人阮元等等指出《山海经》的古图，实际上就是古书中经常提及的九鼎上的图案。传说在大禹划分天下为九州后，令九州牧贡献青铜，铸造九鼎，将全国九州的名山大川、奇异之物镌刻于九鼎之身。《山经》、《海经》中的图像，即是九鼎上的图案。
像《山海经》这样大部分书中，大多内容都以图像为主，文字只是对图像解释和补充，这在上古时期可能是独一无二。原本所附的这些古画大致在南朝时已经失传。南朝画家、宋朝画家都曾重新为《山海经》画过十卷本的《山海经图》，现已不传。我们现在看到的插图都是明清人根据文字记载想象补画的，这和原本根据图像写作正好反过来，这些插图无疑和古画已经有了很大的差异。
