在生物信息学分析过程中，我们经常会使用Shell编写一些脚本，以便执行程序化的分析。因此，我们有必要对Linux下的Shell语法进行学习和了解，一方面可读懂别人写的Shell脚本，另一方面也可以自己编写一些脚本，以提高效率。

1.什么是Shell

Shell是一个命令行解释器。它为用户提供了一个向Linux内核发送请求以便运行程序的界面系统级程序，用户可以用Shell来启动、挂起、停止甚至是编写一些程序。

简单说，Shell相当于是一个翻译，把我们在计算机上的操作或我们的命令，翻译为计算机可识别的二进制命令，传递给内核，以便调用计算机硬件执行相关的操作；同时，计算机执行完命令后，再通过Shell翻译成自然语言，呈现在我们面前。

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Shell还是一个功能相当强大的编程语言，易编写，易调试，灵活性较强。Shell是解释执行的脚本语言，在Shell中可以直接调用Linux系统命令。

也就是说，在Shell中我们不仅可以调用系统内置的命令，还可以自己编写程序，实现我们的个性化功能。

2.Shell的分类

Bourne Shell：从1979年起Unix就开始使用Bourne Shell，主文件名为sh,现已基本淘汰;
C Shell：主要在BSD版的Unix系统中使用，其语法和C语言类似而得名，在Linux中使用不多，但是Linux支持C Shll；
Shell的两种只要语法类型有Bourne和C，这两种语法彼此不兼容。Bourne家族主要包括sh、ksh、Bash、psh、zsh，在Linux中使用较多，其中Bash是Linux中的标准Shell，各发行版的语法基本一致；C家族主要包括：csh、tcsh。

在Linux系统中，我们可以使用echo $SHELL命令查看系统使用的什么Shell：

yjjh@yjjh:~$ echo $SHELL
/bin/bash # Ubuntu使用的Shell是bash

Linux系统支持的Shell类型写在/etc/shell文件中，我们可以打开该文件查看：

# 查看文件
vim /etc/shells
# Linux系统支持的Shell类型
# /etc/shells: valid login shells
/bin/sh
/bin/dash
/bin/bash
/bin/rbash
/usr/bin/tmux
/usr/bin/screen