文献阅读|大数据时代土壤微生物地理学的研究进展与展望

虽然这篇文章和我的专业相关度不高,是一位来自北大xxx学院的学生撰写的,但我想要学习其中宏基因组相关的内容。

基于特征的群落构建的模型

  • 基于特征的群落构建的模型
  • 优点:
    1.强调物种具有的特征(而不是物种在分类学上的差异)对于群落构建的重要性;
    2.有助于从机理上理解微生物群落和自然环境之间的关系。

功能基因定量PCR技术和微阵列基因芯片技术

  • 被用于识别土壤中的功能基因,从而探索功能基因与环境梯度之间的联系
  • 局限:无法探知自然环境中大量微生物基因的功能

宏组学

  • 宏组学(包括宏基因组、宏转录组)测序技术是解决上述局限性的有利工具,因为这类技术可以获得环境微生物全基因组的序列,从而实现对微生物群落的分类组成和功能特征的描述。
  • 现如今,为了探索环境微生物组的功能多样性,越来越多研究者选择将宏基因组测序的手段应用于微生物生物地理研究中。
  • 优点:
    1.可以获得更多基因的功能信息;
    2.还能提高稀有类群的识别率。
  • 未来方向
    结合应用各类宏组学测序方法,进行大尺度的、系统性的基因地理学分析,将是未来土壤微生物生物地理学研究的一大发展方向。
    更重要的是,土壤微生物生物地理学在未来还有望形成一个“基因地理学”的分支,基因地理学研究将结合宏观生态学研究方法与分子生物学手段,不仅有助于更好地理解微生物分布格局下的机制,在将来还有望对地球系统模型的构建作出重要贡献。

个人感想

宏基因组,从字面意思上就可以略知一二。它是一个探索群落全基因组的有力工具,从而实现对群落特征的进一步研究。这是一个很大尺度的分析方法,具体的方法我还有待学习。我认为宏基因组将会在未来各个领域的研究中更广泛地应用,有助于理解不同群落的分布、特征等。

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