今天推文重复的图来自于 论文
Whole-genome resequencing of 445 Lactuca accessions reveals the domestication history of cultivated lettuce
image.png
这篇论文的数据是公开的，代码也公开了一部分，那我们就可以按照他的提供的数据来试着复原一些论文中的图了。
本来已经重复到了论文中Fig1的2c，但是试着做局部放大的时候遇到了一些问题，暂时还搞不定，看了其他的图实现起来还有一定的难度。所以先挑一个相对比较简单的箱线图来模仿一下吧。 对应的是论文中的Figure 2d
image.png
数据是论文附件的 Source Data Fig.2
image.png
首先是读入数据
df<-readxl::read_excel("NG/41588_2021_831_MOESM5_ESM.xlsx",
sheet="Fig2d")
论文中提供的是宽格式数据，如果使用ggplot2作图需要转换成长格式，这里本来想尝试一下tidyr包中的pivot_longer()函数了，帮助文档没有看明白。没有搞定，还是直接使用reshape2中的melt()函数吧
library(dplyr)
df %>%
mutate(new_col=paste(Group1,Group2,sep="_")) %>%
select(-c("Group1","Group2","Group3","Outgroup")) %>%
#reshape2::melt(var.ids=c("Group1")) %>%
#arrange(Group1,Group2) %>%
reshape2::melt(var.ids="new_col") -> df1
head(df1)
ggplot2 作图
library(ggplot2)
library(stringr)
library(ggprism)
x_level<-paste(df$Group1,df$Group2,sep="_")
x_level
df1$group<-str_sub(df1$new_col,5,7)
df1$new_col<-factor(df1$new_col,
levels = x_level)
ggplot(df1,aes(x=new_col,y=value))+
stat_boxplot(geom = "errorbar",width=0.2)+
geom_boxplot(outlier.shape = 1,
aes(fill=group),
show.legend = F)+
scale_fill_manual(values = c("#e64b35",
"#4daf4a",
"#4dbbd5",
"#cab2d6",
"#b2df8a"))+
scale_x_discrete(labels=str_sub(x_level,1,3),
guide = "prism_offset")+
scale_y_continuous(limits = c(-0.021,0.085),
breaks = seq(-0.02,0.08,by=0.02))+
theme_prism(axis_text_angle = 90,
base_line_size = 0.1,
base_fontface = "plain",
base_family = "serif")+
labs(x=NULL,
y=expression(paste(italic("D")," statistic")))+
theme(plot.margin = unit(c(0.2,0.2,2,0.2),'cm'))+
geom_segment(x=1,xend=5,y=-0.04,yend=-0.04)+
annotate("text",x=3,y=-0.02,label="CAU",vjust=10)+
geom_segment(x=6,xend=9,y=-0.04,yend=-0.04)+
annotate("text",x=7.5,y=-0.02,label="SEU",vjust=10)+
geom_segment(x=10,xend=12,y=-0.04,yend=-0.04)+
annotate("text",x=11.5,y=-0.02,label="WEU",vjust=10)+
geom_segment(x=13,xend=14,y=-0.04,yend=-0.04)+
annotate("text",x=13.5,y=-0.02,label="EEU",vjust=10)+
geom_segment(x=14.5,xend=15.5,y=-0.04,yend=-0.04)+
annotate("text",x=15,y=-0.02,label="WAS",vjust=10)+
annotate("text",x=1,y=-0.02,label="P1",
hjust=2,vjust=5)+
annotate("text",x=1,y=-0.02,label="P2",
hjust=2,vjust=10)+
coord_cartesian(clip = "off")
image.png
箭头指的地方如何用代码缩短暂时不知道了，出图收手动调整吧
最终结果
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这里遇到的问题是
- 如何将箱线图的垂直线改成虚线呢？
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