前言
今天卡卡给大家介绍一个单细胞上游处理最常用到的软件包——CellRanger。跟着卡卡一起来看一下吧
官网链接：https://www.10xgenomics.com/support/software/cell-ranger/latest
实战
下载CellRanger
curl -o cellranger-9.0.1.tar.gz "https://cf.10xgenomics.com/releases/cell-exp/cellranger-9.0.1.tar.gz?Expires=1744929802&Key-Pair-Id=APKAI7S6A5RYOXBWRPDA&Signature=dRO78olvhTchF0G7ORkU~SEO33OwgD6A7kyVQRmv63Pi0KcaE-yac8tTz7bZMKwrd9~rskM485U8b6CWnXhJ8H2avUAB4xbG9XWtC1ZFU0bmNya~Bhi-HzO-2wxpppoUgNQzpbKWhc4yL-JNQpeqVEIU3xnNSSjl5SNFx3C2AMN2Qs3fliufEwPLHvc4gITN3Jr8DkMaqPVwyFCIfoF5covbUSVekuw5B~UwCIIQ~8hUxC6JtQahNzq3dgP4cqMo0i3MUqidXOxD1wr~cifQXaoXJ0Lsb83J4qhBNVBCTK0~9H~uZYCFltxzsivgIaeOuuLh6bcSZ8nGpqnSS-kc6Q__"
##解压
tar -zxvf cellranger-9.0.1.tar.gz
设置CellRanger命令路径
进入编辑器
nano ~/.bashrc
设置永久路径
export PATH=/home/sxyd/software/cellranger-9.0.1:$PATH
重新加载
source ~/.bashrc
检查配置
检查路径设置
cellranger
检查系统配置
cellranger sitecheck > sitecheck.txt
测试数据集运行
cellranger testrun --id=check_install
结束语
本期教程到此结束，其实卡卡在使用这个安装的时候体验感并不是特别好，会遇到环境上的报错，一直解决不掉，卡卡明天会给大家更新一期使用docker和其他容器运行CellRanger的方法，来解决这个头疼的问题
