1.软件下载
GitHub下载链接：https://github.com/BioEasy/EasyCodeML
此外还需要预先安装java，下载链接：https://www.java.com/en/download/
2.软件运行
下载软件压缩包在本地解压后有如下文件，双击EasyCodeML.jar即可运行主程序
图1 EasyCode主要文件组成
2.1树文件去数值
使用到的树文件不能带任何数值，EasyCode提供了插件可以去除树文件中的数值，打开ToolsTree Cleaner,如下图所示，上传树文件并选择输出目录即可。
图2 树文件去数值插件
2.2序列转换
EasyCode需要pml文件作为输入，首先需要将fas文件转换为pml文件(fas文件需要提前进行比对且所有物种中都要存在该基因)，EasyCode提供了插件可以去除树文件中的数值，打开ToolsSeqformat Convertor,如下图所示，上传fas文件即可，生成的结果文件会直接保存在fas文件所在目录。
图3 序列转换插件
2.3软件参数设置
图4 参数设置
当运行结束后，一定要先点击Run LRTs按钮，再点击Export输出结果
3.结果解读
图5 结果解读
如果M1a vs. M2a、M7 vs. M8 和 M8a vs. M8 三对巢式模型的 p 值均小于0.05，说明备选模型显著优于零假设模型，表明存在正选择作用。
4.命令行运行
此软件也可通过命令行启动，其启动命令为:
java -Xmx1024M -Xms512M -jar EasyCodeML.jar
这里给定了最大内存使用堆积量(-Xmx1024m)和最小内存使用堆积量(-Xms512M),该命令也可用于启动linux系统中的EasyCodeML。根据经验-Xmx设置为3072，-Xms设置为1024，线程数为4速度较快。
参考文献
https://en-cdn.bio-protocol.org/pdf/bio-protocol1010651.pdf
