内容汇总----空间转录组的生态位（niche）分析

作者，Evil Genius

周日了，睡了一天，今天给大家汇总一下各种空间niche分析的内容。

首先是低精度的平台，visium

课程复习---分析空间数据的细胞空间关系（python版本的mistyR）
脚本更新----多样本cell2location分析结果分析共定位（mistyR）
脚本更新----空间转录组系列分析（cell2location + 细胞聚类 + 空间通讯）
课程复习---细胞聚类
课程复习----多样本进行共定位分析
思路总结----空间细胞邻域聚类的注释策略
空间细胞聚类与Cellular ecosystems
课前准备----nicheDE与nicheLR（完整版）
课前准备----细胞邻域特征评分
课前准备---邻域富集分析 + Hotspot identification + 距离度量 + 敏感性分析
课前准备---空间转录组数据分析之分子niche
课前准备---空间转录组数据分析之细胞niche
细胞细胞生态位相互作用产生了生物学意义的协变量结构
10X空间转录组Visium && HD && Xenium分析全更新
空间转录组多样本niche的比较分析（Visium & Xenium & HD）
空间转录组分析之细胞Niche（python）版本

高精度，不做细胞分割的平台，HD、Stereo-seq等


2025从RCTD + 细胞聚类开始
课程补充----2024番外篇（RCTD + 细胞聚类）
脚本更新----实现10X visium HD的RCTD解卷积分析、细胞聚类和共定位分析
脚本更新----空间邻域差异分析（针对visium、bin模式的Stereo-seq、HD）
课程补充----单细胞空间联合分析之RCTD封装版（针对visium、bin模式的Stereo-seq、HD）
流程更新----空间细胞聚类及配受体共现分析（针对visium、bin模式的Stereo-seq、以及HD）
流程升级---解剖细胞邻域（CN）组织的iTME（高精度空间平台、Stereo-seq、HD）
流程优化----Spatial HD多样本整合分析 + 邻域分析
空间转录组多样本niche的比较分析（Visium & Xenium & HD）

高精度、做细胞分割的空间转录组。


脚本更新---高精度平台的细胞niche分析
方法分享----高精度空间组学数据中识别和表征细胞生态位
脚本更新----Seurat V5分析空间转录组的细胞niche(多样本)
方法更新---identify differentially-enriched cellular niches（MIBI-TOF,CODEX, IMC,Xenium）
内容复习---空间邻域差异分析（高精度平台和低精度平台）
细胞邻域分析
思路总结----空间细胞邻域聚类的注释策略
脚本更新----Xenium、CODEX、CosMx范围邻域矩阵的获得与亚群分析
脚本更新----空间邻域差异分析（高精度平台，Xenium、CosMx、CODEX、图像分割Stereo-seq、HD）
流程升级---通过生态位差异分析确定细胞状态转变的外在驱动因素
流程升级---空间邻域聚类分析与分层分析（高精度平台，Stereo-seq、HD、Xenium、CosMx）
流程升级----高精度空间平台的细胞邻域分析（固定范围）
分析优化----关于空间原位数据的邻域分析优化
个性化分析（原位）---空间转录组微环境（邻域）细胞聚类 + 突变信息
最后一课准备----Xenium生态位与微环境分析
空间转录组cell niche（流程试用版）

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