根据《国家税务总局关于行政机关应扣未扣个人所得税问题的批复》（国税函[2004]1199号）第三条规定，扣缴义务人应扣未扣税款，不得向纳税人或扣缴义务人加收滞纳金。
例如：某单位2021年3月应扣缴工资薪金个人所得税5万元未扣缴，直到5月份才补扣并向税务机关申报，对这5万元税款，税务机关不得加收滞纳金。
但需要注意的是，如果扣缴义务人已扣缴了个人所得税税款，但未按税法规定期限向主管税务机关申报缴纳税款，则根据《中华人民共和国税收征收管理法》第三十二条规定，扣缴义务人未按照规定期限解缴税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。
例如：某单位2021年3月已扣缴工资薪金个人所得税5万元未在规定期限（4月1至15日）向主管税务机关申报缴纳，直到5月12日才向主管税务机关申报缴纳，对这5万元税款，税务机关应从4月16日起至5月12日止按日加收万分之五的滞纳金。
