为了杜绝90年代财政资金挪用滥用现象，政府构建了以国库单一账户体系为基础、资金缴拨以国库集中收付为主要形式的制度。改革的整体思路是由国库单一账户核算所有财政性资金的收入和支出，其中收入直接缴入国库或财政专户，支出通过各部门在商业银行的零余额账户处理日常支付和清算业务。
国库单一账户体系构成
国库单一账户体系主要包括以下几类账户，分别为：财政部门在人行开立的国库单一账户、财政部门在代理银行开立的零余额账户、财政部门在代理银行为预算单位开立的零余额账户、预算外资金财政专户、预算单位小额现金账户、特设账户等。
财政收入收缴
财政收入收缴方式主要为直接缴库和集中汇缴。
（1） 直接缴库是由缴款单位直接将应缴收入缴入国库单一账户或预算外资金财政专户。其中税收收入，由纳税人或税务代理提出纳税申报，经征收机关审核无误后，由纳税人通过开户银行将税款缴入国库单一账户。其他收入，比照上述程序缴入国库单一账户或预算外资金财政专户。
（2） 集中汇敫是由征收机关将应缴收入汇总缴入国库单一账户或预算外资金财政专户。小额零散税收和法律另有规定的应缴收入，由征收机关于收缴收入的当日汇总缴入国库单一账户。非税收入中的现金缴款，缴入国库单一账户或预算外资金财政专户。
财政支出拨付
按照不同支付主体，对不同类型支出，实行财政直接支付和财政授权支付。
(1)财政直接支付
预算单位向财政单位申请支付，财政单位向代理银行签发支付命令，代理银行收到支付命令后将财政资金支付到收款人或用款单位账户，并于营业终了前与国库单一账户清算。
财政直接支付支出项目包括：工资支出、购买支出以及中央对地方的专项转移支付，拨付企业大型工程项目或大型设备采购的资金等; 转移支出（中央对地方专项转移支出除外），包括中央对地方的一般性转移支付中的税收返还、原体制补助、过渡期转移支付、结算补助等支出，对企业的补贴和未指明购买内容的某些专项支出等。
财政直接支付的具体流程为：预算单位按照批复的部门预算和资金使用计划，向财政国库执行机构提出支付申请，财政国库执行机构对支付申请审核无误后，向代理银行发出直接支付通知书同时向人行国库下达清算指令，代理银行收到支付通知书后将财政资金支付给收款人，并于营业终了前与人行国库单一账户清算。
(2)财政授权支付
预算单位在一定期限授权额度内自主向代理银行开立支付指令，由代理银行向收款人付款，并于营业终了前与单一账户进行清算。
财政授权支付支出项目包括：未实行财政直接支付的购买支出和零星支出。
财政授权支付的具体流程：预算单位汇总用款计划，报财政部门国库执行机构批准。财政国库支付执行机构将批准后的预算单位授权支付额度向代理银行发送的同时向人行国库发送清算额度。预算单位在月度用款限额内，自行向代理银行开具支付令，由代理银行向收款人付款，并于营业终了前与国库单一账户进行清算。
延期清算特例
财政支付采取先支付再清算的方式，由代理银行每日先行垫付资金支付给收款人再于当日营业终了前与国库单一账户进行清算。本质上是不允许各财政单位要求代理银行延期清算的，但以下情况例外。
1．在人行国库清算受理时间后发生的支付业务，应在下一个工作日内清算完成，垫付利息由各财政部门按照国库集中支付业务代理协议约定条款计付。
2．因技术性差错导致代理银行申请清算金额超过财政部门提供人行国库的清算额度且当日未能按时更正的，应在更正后及时清算，垫付利息同上处理。
3．当日库款余额低于代理银行申请清算金额导致人行国库拒绝清算的，应在补足库款后及时办理清算，垫付利息同上处理。
