当一组表型同时关联多个基因时，表格可以列清楚配对关系，却不容易让读者快速看出哪些节点连接较多、不同类别如何分布。弦图把两类实体排在圆周两侧，用弦表示对应关系，并按节点的类别着色，简洁清晰。适合展示表型与基因、GO term 与基因、细胞类型与 marker 基因等两类实体间的关系。
📖 论文案例
《Nature Genetics》文章 "Genome-wide association study meta-analysis provides insights into the etiology of heart failure and its subtypes" 的 Figure 5 a展示了心力衰竭总体表型与相关表型的遗传共定位。将22个相关表型与42个心衰易感位点连接起来。每条弦表示一个位点与一个表型之间的共定位关系。
图左侧黑色名字为22个表型，右侧红色名字为44个基因名称。小圆圈中的数字表示节点连接数量，弦线颜色对应表型类别。
🛠️ 作图地址
https://www.bioinformatics.com.cn/plot_relationship_circle_chord_diagram
📋 五步出图：从数据到矢量图
Step 1：准备数据
点击图片上方的「示例数据」可以下载示例数据，使用Excel 查看数据结构。
示例数据包括两部分：
第一部分是连线数据，包括 source 和 target 两列。每一行表示一条关系：source 是起始节点，例如表型；target 是目标节点，例如基因。
第二部分是节点分组数据，包括 source 和 class 两列。source 要与连线数据第一列中的名称一致，class 用来指定起始节点所属的类别，例如心血管相关、代谢相关等。
两列实体可以按研究问题替换。例如，source 是 GO term、target 是基因；或者 source 是细胞类型、target 是 marker 基因。
💡 准备自己的数据时，可以在 Excel 中按示例格式排好，然后复制到网页的两个输入框中。
Step 2：输入检查（重要！）
将数据粘贴到输入框后，先点击「输入检查」。后台会逐行逐列检查数据格式，并提示需要修改的地方。检查通过后继续设置参数。
💡 如果检查未通过，请根据提示修改数据，重新检查，直到检查通过。
Step 3：设置参数
检查通过后，进入参数设置。
【图片大小】图片宽度和高度决定输出画布的尺寸。主图缩放用于控制圆形主体在画布中的占比，数值越小，四周留白越多，外圈文字也更不容易被截断。使用时可与图片大小一起调整。
【弧线颜色】前6个分组可以分别设置颜色；分组超过6类时，其余类别使用系统默认颜色。
页面还提供三种配色方式：
① 颜色集 —— 内置 npg、lancet、aaas、jama、nejm、jco 和 frontiers 七套配色
② 随机颜色 —— 每次点击会生成一组新颜色
③ 自定义 —— 粘贴以空格分隔的十六进制色号，例如 #E64B35 #4DBBD5 #00A087
【外圈文字颜色】可以分别设置两列实体名称的颜色。示例中，第一列的表型名称为黑色，第二列的基因名称为红色。
【弧线相关】可以设置弦线粗细、bend（弯曲参数）和透明度。关系较多时，可结合预览调整，避免中心区域过于拥挤。
【字体设置】外圈实体名称和小圆圈内数字的字号可以分别调整。字体支持 Times New Roman 和 Arial。
【小圆圈半径】控制节点旁小圆圈的大小，数值越大，圆圈越大。
【起始角度】用于调整整张图在圆周上的角度位置。
Step 4：提交出图
参数设置完成后，点击「提交」按钮，约1s后生成预览图。
Step 5：下载与后期编辑
平台支持下载 PDF、SVG、PNG 和 TIFF 四种格式，其中PDF和SVG是矢量图，PNG 为300 dpi，TIFF 为600 dpi。需要移动文字、替换字体或组图时，可以使用Adobe Illustrator 或 Inkscape 编辑保存 PDF 或 SVG。
✍️ 小结
弦图用圆周两侧的节点和中间弦线表示两类实体之间的对应关系，并用颜色区分起始节点的类别。它适合以下场景：
• 展示表型与基因、通路与基因、细胞类型与基因等多对多关系
• 比较不同类别节点的连接数量和分布
整个流程在网页中完成，不需要单独写代码或安装绘图软件。
📌 新增功能
可以从预览图下方的「参数」链接下载 JSON 文件，其中保存了输入数据和绘图设置。
完成一版满意的图后，可以把参数文件，图片，原始数据放在一起保存，下次可以直接导入参数复用。
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